مكي بن الشيخ شمس الدين محمد بن حامد بن أحمد النبطي العاملي الجزيني المستشهد سنة ٧٨٦ كان من أعاظم تلاميذه وخصيصا له ، ويدل على هذا تسمية أحد تأليفاته باسمه وهو كتاب « المسائل المقداديات ». قال في الروضات : وهو الذي ينقل في كتبنا الاستدلالية الفتاوى والخلافيات ، وكان نسبة تلك المسائل إلى تلميذه الشيخ المقداد السيوري.

قال العلامة المجلسي في إجازات البحار في قصة شهادة الشهيد محمد بن مكي : وجدت في بعض المواضع ما هذه صورته : قال السيد عز الدين حمزة ابن محسن الحسيني : وجدت بخط شيخنا المغفور العالم العامل أبي عبد الله المقداد السيوري ما هذه صورته :

كانت وفاة شيخنا الأعظم الشهيد الأكرم أعني شمس الدين محمد بن مكي قدس‌سره وفي حظيرة القدس‌سره تاسع جمادى الأولى سنة ست وثمانين وسبعمائة ، قتل بالسيف ثمَّ صلب ثمَّ رجم ثمَّ أحرق ببلدة دمشق. لعن الله الفاعلين لذلك والراضين به ، في دولة بيدمر وسلطنة برقوق بفتوى المالكي يسمى « برهان الدين » و « عباد بن جماعة الشافعي » ، وتعصب عليه في ذلك جماعة كثيرة بعد أن حبس في القلعة الدمشقية سنة كاملة.

وكان سبب حبسه أن وشى به تقي الدين الخيامي بعد جنونه وظهور أمارة الارتداد منه أنه كان عاملا ، ثمَّ بعد وفاة هذا الواشي قام على طريقته شخص اسمه « يوسف بن يحيى » وارتد عن مذهب الإمامية وكتب محضرا شنع فيه على الشيخ شمس الدين محمد بن مكي ما قالته الشيعة معتقداتهم ، وأنه كان أفتى بها الشيخ ابن مكي وكتب في ذلك المحضر سبعون نفسا من أهل الجبل ممن يقول بالإمامة والتشيع وارتدوا عن ذلك وكتبوا خطوطهم تعصبا مع يوسف بن يحيى في هذا الشأن ، وكتب في هذا ما يزيد على الألف من أهل السواحل