التجّار استطاعوا في فترة غيابه ان يستولوا على الحكم في المدينة ورفضوا الان ان يعترفوا بابنه والياً عليها. عند ذلك لم يجد حسين باشا حرجاً في اعدام الاكثر تصلباً منهم في حين مارس ضد الباقين اضطهاداً لم يسمع به من قبل ، الامر الذي دفع المتضررين إلى ان يرسلوا إلى السلطان العثماني سفارة خاصة تحمل عريضة ضمنوها تفصيلاً لجميع ما ارتكبه حسين باشا من تعسف وتجاوزات. وعندما لم يستطع حسين باشا منع اصحاب الشكوى هؤلاء من السفر بادر فارسل من جانبه ابن عمه يحيى اغا ومعه هدايا ثمنية إلى اسطنبول لكن يحيى هذا بدلاً من ان يدافع عن قضية ابن عمه رشح نفسه لولاية البصرة فاجيب طلبه. ولكي يثبت حكمه في البصرة طلب الصدر الاعظم من والي بغداد قره مصطفى باشا ان يجمع قوات الرقة والموصل وديار بكر وشهرزور كالسابق ويسير بها ضد حسين باشا. ولم يستطع هذا الاخر في هذه المرة ان يعتصم في القرنه لان احد الجنود خانه واخبر المحاصرين بان القلعة خالية من الحماية من جهة الاهوار فتقدم العدو من تلك الجهة مستخدماً جذوع النخل التي رضعت بعضها إلى جانب البعض الاخر واقتحم القرنة واستولى عليها. لكن حسين باشا تمكن مع ذلك من الهرب إلى الحويزة وثبت في السنة نفسها أي في ١٦٦٨ في منصبه الجديد يحيى اغا الذي كان قد منح لقب باشا في نفس الوقت الذي جرى فيه تعيينه والياً على البصرة.

قدم والي بغداد الذي قاد الحملة ضد حسين باشا إلى الباب العالي تقريراً تضمن تصوارته بشأن ضرورة تعزيز الحاميات العثمانية المتواجدة في جنوب العراق من اجل شد هذه المنطقة اكثر إلى الدولة العثمانية مع استخدام الايرادات المحلية لتغطية مصاريفها. وقد اقترح الوالي من اجل زيادة ايرادات هذه المنطقة ان يعاد تقييم الممتلكات غير المنقولة وان