وجدل كبير بين النحويين ، ولم تعرض المنظومة رأيا مخالفا لرأي الخليل ، أو رأيا لغيره حتى ولو كان موافقا لرأيه إلا في حالة واحدة فقط عند ما ذكر (قطربا) وهذه الحالة موطن لحديث مستقل ، كذلك لم يعلل الخليل للقواعد الواردة ، مع اننا نعلم أنه كان مولعا بالعلل وذكرها والحديث عنها ، ويبدو أنه كان يدرك أن المنظومة التعليمية يجب أن تتخلى عن ذلك.

وما فعله أصحاب المنظومات النحوية فيما بعد جاء مخالفا لصنيع الخليل ، فقد كان مؤلفوها يذكرون الآراء الراجحة والمرجوحة ويعللون ويفسرون ، ويرجحون رأيا على رأي آخر مع تقديم الأسباب والمبررات.

(٢) اهتم الخليل بالقاعدة النحوية والتمثيل لها ، لكنه لم يهتم بالشاذ الخارج عن القاعدة ، فلم يذكر شاذا أو يمثل لشيء منه إطلاقا ، وهذا النهج الذي اتبعه الخليل راعى فيه أن طالب النحو في بداية أمره ليس في حاجة إلى الشاذ الخارج عن القاعدة ، فالأفضل أن يقتصر الأمر على أصل القاعدة دون خروج عنها.

(٣) لم يهتم الخليل بالجزئيات النحوية أو التفريعات والتقسيمات ، كذلك لم يهتم بتفصيل القاعدة نظريا ، وانصبّ اهتمامه على ذكر القاعدة العامة دون ذكر تفصيلاتها ، ثم التركيز بعد ذلك على التمثيل المفصّل ، وهذا النهج فيه بعض الصعوبة لطالب علم النحو إلا إذا استعان بمعلّم يفسّر ويوضح ما جاء من أمثلة تعطي كثيرا من تفريعات القاعدة ، لهذا لا بد من الاعتماد على معلّم ليضيء الملامح الخبيئة لجزئيات القاعدة النحوية.

وربما كان ذلك به بعض الصعوبة لمن ليست لديه أية معرفة بعلم النحو وقواعده.

(٤) ترك الخليل أبوابا نحوية هي من صلب النحو العربي مثل باب الحال أنواع المعارف ، الاشتغال ، التنازع ، العدد وكناياته ، أسماء الأفعال ،