ثم عاد إلى جبل عامل وتوفي بها ، ووفاته إما في آخر القرن التاسع أو أوائل القرن العاشر والله أعلم. ودفن في قرية جبشيت من قرى جيل عامل ، ثم خربت القرية فنزح أهلها منها وأصبحت محرثا ، فلما خرجت اختفى قبره بما تراكم عليه من التراب ولم يزل مستورا بالتراب إلى ما بعد المائة الحادية عشر ولا يعرفه أحد فظهر عند حرث تلك الأرض وعرف بما كتب عليه وهو : هذا قبر الشيخ إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه‌الله.

قال المولى الأفندي في الرياض ١ / ٢٢ : وحكي لي بعض أفاضل الثقات من سادات جبل عامل متعنا الله بدوام عمره وإفضاله عن بعض ثقات أهل تلك النواحي من عجيب ما اتفق فيه قريبا من هذه الأعصار : أن حراثا منهم كان يكرب الأرض بثوره فاتفق أن اتصل رأس جارته حين الكراب بصخرة عظيمة اقتلعها من الأرض فإذا هو من تحتها بجثمان مكفون قد رفع رأسه من التراب كالمتحير الفرق المستوحش ينظر مرة عن يمينه وأخرى عن شماله ويسأل الراعي من عظم الواقعة فلما أفاق من غشيته وجعل يبحث عن حقيقة الأمر رأى مكتوبا على وجه تلك الصخرة صفة صاحب العنوان : هذا (قبر) إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه‌الله.

وقال السيد حسن الصدر في تكملة الأمل ص ٧٦ : وحدثني بعض الأجلة الثقات أن قبره كان مخفيا وظفر به في المائة الحادية عشر ، وله حكاية غريبة