توفّى عليّ زين العابدين رضياللهعنه في ثاني عشر المحرّم سنة أربع وتسعين من الهجرة وكان عمره إذ ذاك سبعا وخمسين سنة.
نقش خاتمه عليهالسلام
قال علامة التاريخ والحديث أبو القاسم حمزة بن يوسف بن ابراهيم السهمي المتوفى سنة ٤٢٧ في كتاب «تاريخ جرجان» (طبع حيدرآباد الدكن):
حدثنا أحمد بن أبي عمران الجرجاني حدثنا عمران بن موسى حدثنا إبراهيم بن المنذر حدّثني محمّد بن جعفر حدثني أبي جعفر بن محمّد قال : كان نقش خاتم أبي محمّد بن علي : القوّة لله جميعا.
وقال العلامة الشيخ كمال الدين محمد بن طلحة الشافعي الشامي المتوفى سنة ٦٥٢ في «مطالب السئول في مناقب آل الرسول ص» (ص ٨١ ط طهران):
ونقل الثعلبي في تفسيره أنّ الباقر كان نقش خاتمه هذه :
ظنّى بالله حسن ، وبالنبيّ المؤتمن ، وبالوصيّ ذي المنن ، وبالحسين والحسن.
رواها بسنده في تفسيره متصلا إلى ابنه الصّادق.