وبسب الظروف الصعبة التي كانت تلفّ بغداد وتفاقم عنف وخطر تيار الحنابلة اضطر السفير الثالث الحسين بن روح إلى التقليل من ارتباطه بشيعة أهل البيت ، وتعميق دور شخصيّة علميّة بدأت بالصعود هو محمّد بن علي الشلمغاني ، فكان الوسيط بين السفير وأبناء الطائفة حتّى أصبح المرجع العام لهم ، ولم يعد السفير يلتقي أحداً أو يقابل وفداً.
وفي هذه الفترة ألّف كتابه «التكليف» الذي قرأه السفير بدقّة قبل أن يوقع على صحّته والترخيص باستنساخه.
وعندما ألّف كتابه الآخر «التأديب» قام السفير بارساله إلى علماء قم للنظر فيه ، وجاء الجواب بصحّته باستثناء مورد يختصّ بزكاة الفطرة الأمر الذي دفع بالسفير إلى اعادة النظر في كتاب «التكليف» ؛ فوجد بعض الاشكالات في موضوع الشهادة واسناد رواية مزورة إلى الامام موسى الكاظم عليه السلام.
ولأسباب ما تزال غامضة بدأ الشلمغاني يستغل موقعه الفريد خاصّة بعد اعتقال السفير في مطلع عام ٣١١ هـ صيف