(ز) العلوم العقلية من المنطق والفلسفة والطبيعيات والعرفان :

١ ـ آداب البحث ، في علمي المناظرة والجدل ، مخطوط.

٢ ـ الاسرار الحنفية في العلوم العقلية.

٣ ـ الاشارات الى معاني الاشارات ، مفقود.

٤ ـ ايضاح التلبيس من كلام الرئيس ، مفقود.

٥ ـ ايضاح المعضلات من شرح الاشارات ، مفقود.

٦ ـ ايضاح المقاصد من حكمة عين القواعد ، مخطوط.

٧ ـ بسط الاشارات الى معاني الاشارات ، مفقود.

٨ ـ تحرير الابحات في معرفة العلوم الثلاث ، مفقود.

٩ ـ تحصيل الملخص ، مفقود.

١٠ ـ التعليم التنام في الحكمة والكلام ، مفقود.

١١ ـ الجوهر النضيد في شرح كتاب التجريد ، مطبوع.

١٢ ـ حل المشكلات من كتاب التلويحات ، مفقود.

١٣ ـ الدر المكنون في شرح علم القانون ، مفقود.

١٤ ـ القواعد الجلية في شرح الرسالة الشمسية ، مطبوع.

١٥ ـ القواعد والمقاصد.

١٦ ـ كاشف الاستار في شرح كشف الاسرار.

١٧ ـ المحاكمات بين شراح الاشارات ، في ٣ أجزاء ، مفقود.

١٨ ـ مراصد التوفيق ومقاصد التحقيق ، مخطوط.

١٩ ـ النور المشرق في علم المنطق ، مفقود.

٢٠ ـ نهج العرفان في علم الميزان ، مفقود.