وفي سرد الكلمات التي تشترك ببداياتها تحت الحرف الواحد ، لم يلتزم السجستاني بترتيب الكلمات حسب نسق السور والآيات في المصحف الشريف ، وهذه بعض الأمثلة على ذلك :

فهو من يضع كلمة : (يؤفكون) [المائدة : ٧٥] بعد التوبة.

ويضع عبارة : (يغاث النّاس) [يوسف : ٤٩] في هود.

ويضع كلمة : (يستعتبون) [الروم : ٥٧] بعد الزخرف.

وكثيرا ما يلجأ السجستاني لجمع الكلمات القرآنية الغريبة المتفقة في أصلها الإشتقاقي في موضع واحد على طريقة أصحاب المعاجم مستشهدا ومدللا على قوله ، وهذا مما يخرج به عن منهجه الذي اعتمده في الكتاب من اعتبار رسم الكلمة دون اشتقاقها ، وتتبع السور والآيات حسب تسلسلها ، ويضيّع على القارىء فرص العثور على كلماته المطلوبة ويضطره لقراءة الكتاب كله لجهله بمواضع هذه الكلمات ، خاصة إذا اختلفت بداياتها عن الكلمات الموضوعة معها. ومن الأمثلة على ذلك.

كلمة (تمنّى) [الحج : ٥٢] جاءت ضمن كلمة (أمانيّ) [البقرة : ٧٨].

وكلمة : (يخزي) [التحريم : ٨] جاءت ضمن كلمة : (أخزيته) [آل عمران : ١٩٢].

و (ولا تزر وازرة وزر أخرى) [الأنعام : ١٦٤] جاءت ضمن كلمة : (أوزارهم) [الأنعام : ٣١].

وغير هذا كثير مستطرد في كتابه ، يطول ذكره.

ولقد كان اختلاف القراءات القرآنية التي يتغيّر ضبط أوائل الكلمات باختلافها سببا من أسباب اضطراب تصنيف الكتاب أيضا ، فأنّى للقارىء أن يدرك أن المؤلف قد وضع كلمة : (جثيّا) [مريم : ٦٨] في الجيم المضمومة لاعتماده قراءة (جثيّا) بضم الجيم التي قرأ بها نافع ، وابن كثير ، وأبو عمرو ، وابن عامر ، وأبو جعفر.

وأنّى له أن يدرك أن : (جبلّا) [يس : ٦٢] في الجيم المضمومة ، لاعتماد المؤلف قراءة (جبلّا) بضم الجيم.