فقسم منها ـ من المخطوطات ـ انضم إلى حرم أمير المؤمنين عليه‌السلام ، ومن المحتمل أن السبب في ذلك هو السيِّد حسين الرفيعي كليدار حرم أمير المؤمنين عليه‌السلام ـ حينئذ ـ إذ تنتسب إليه زوجة صاحب المكتبة فهي ابنة السيِّد حبيب الرفيعي ، وهو الأكبر منها ، ومن ثم انتقل إلى دار صدّام للمخطوطات في بغداد لأسباب غامضة ولسنوات عديدة تجاوزت الثلاثين عاماً (حدود ١٤٠٠ ـ ١٤٣٠ هـ) ، وقد انتقل الكثير من مكتبات النجف الأشرف إلى ذلك المحل حينها بالغصب والشراء ، ثم أُعيد بعد سقوط الطاغية وبالتحديد في أواخر سنة ١٤٣١ هـ من قبل إدارة الحرم الجديدة ؛ وذلك لكون الأخيرة تملك بعض الوثائق التي تعطيها حق المطالبة بها بعد أخذها من الحرم العلوي المطهَّر ، وهناك من حدّثني أن هذا القسم ينوف على الخمسمائة نسخة خطية أو أكثر.

وقسم آخر منها ذهب إلى مكتبة مرجع الطائفة في حينها السيِّد أبي القاسم الخوئي قدس‌سره وبعد أن أوكل الأمر إليّ في جمع النسخ المتبقية من المكتبة والموجودة في مكتبة الإمام كاشف الغطاء العامة من قبل السيِّد فاضل آل بحر العلوم والسيِّد جواد الخوئي حفظهما الله وجدت فيها ست نسخ فقط لا غيرها ؛ وذلك لكون المكتبة الأخيرة تعرضت في سنة ١٩٩١ م إلى اعتداء آثم لا يغتفر في حقّ التراث الإسلامي ، وقد أنقذ المتبقي منها سماحة الشيخ شريف آل كاشف الغطاء وحفظه عنده في مكتبته ، وكم له من أمثال ذلك من مواقف نبيلة سجلها له التاريخ ، وكما سمعت أن قسماً آخر منها صار في مكتبة أمير المؤمنين عليه‌السلام ، وقسماً آخر منها أيضاً صار في مكتبة جامعة النجف الدينية ،