مخطوطتين وثالثة مطبوعة متداولة. وبعد الاتكال على الله تعالى تم القيام بما يلي :

 ـ تحريك النص ووضع علامات الترقيم.

 ـ وضع أرقام الآيات في بدايات تفسيرها ليسهل متابعتها.

 ـ تحديد الآيات الشواهد وذكر موضعها في القرآن الكريم.

 ـ حصر الأحاديث والآثار وعزوها إلى مصادرها ما أمكن.

 ـ إرجاع الأشعار إلى أصحابها ما أمكن.

 ـ ذكر ترجمة مبسطة للأعلام والقبائل والشعوب والفرق والبلدان والأماكن.

 ـ ترجمة الألفاظ الغريبة.

 ـ مقابلة النسخ وذكر الفروقات بينها.

 ـ وضع فهارس مساعدة تسهل عمل الباحثين والمهتمين بهذا التفسير الجليل.

وصف النسخ المعتمدة :

حظي تفسير النسفي باهتمام أهل العلم فقاموا باستنساخه وتداوله ، وذكرت فهارس المخطوطات أنه بين عامي ٧٢٥ ه‍ و ١٣٠٠ ه‍ تقريبا ترك لنا النساخ ١٤٧ مخطوطة من هذا الكتاب منها مخطوطات كاملة في مجلدين وأخرى في مجلد واحد وبعضها في ثلاثة أو أربعة مجلدات والعشرات من الأجزاء المستقلة ، وقد تم اعتماد :

١ ـ أقدم نسخة مخطوطة ظهرت حتى الآن وأقربها تاريخا إلى تاريخ وفاة الإمام النسفي وهي مخطوطة الأحمدية / حلب ـ سوريا ، مؤلفة من جزئين ، الجزء الأول / ٣٢٧ / ورقة مصورة أي ٦٥٤ صفحة كتبت عام ٧٢٥ ه‍ يبدأ بالفاتحة وينتهي بسورة الكهف. أما الجزء الثاني فهو من / ٣٠٢ / ورقة مصورة أي ٦٠٤ صفحات كتبت عام ٧٢٧ ه‍ وفيها نقص من الآية ٣٨ من سورة الرعد إلى نهايتها وسورة إبراهيم وسورة الحجر إلى الآية ٣٥. ومن الآية ٣٨ من سورة الإسراء إلى الآية ٥١ منها. ومن الآية ٦ من سورة الهمزة إلى قبيل انتهاء تفسير سورة الناس. وهي مكتوبة بخط واضح ومقروء والآيات بالحمرة لم تظهر كليا عند التصوير ، كتبها «ميكائيل حاجي محمد بن حاجي بن موسى بن عمر» واستعان في بعض صفحاتها بناسخ آخر وهي موجودة في مكتبة الأسد بدمشق. وقد اعتمدناها كأصل في التحقيق ورمزنا إليها بحرف (أ).