وفاته ومدفنه :
انتقل الشيخ شير محمّد الهمداني إلى جوار رحمة ربّه في ٢٨ جُمادى الآخرة من سنة ١٣٩٠ هـ بالنجف الأشرف.
وقد يذكر في تاريخ وفاته سنة ١٣٨١ هـ ، وهو ليس صحيحاً :
أوّلاً : لِما عرفناه من بعض أقربائه ممّن حضره عند وفاته ، وصرّح السيّدالجلالي أيضاً بذلك في فهرسته.
وثانياً : لِما جاء في فهرس مستنسخاته من أنّ تاريخ عدد منها كان في السنين ١٣٨٢ ، ١٣٨٣ ، ١٣٨٧ ، ١٣٨٩ هـ ، وهذا يدلّ على أنّه كان حيّاً في تلك السنين.
وفي كيفية وفاته فقد نُقل عن زوجته أنّها قالت : صلّى الشيخ العشائين على سطح داره ، ثمّ نزل وغسل يده وجلس على المائدة ووضع إصبعه في الملح وقال : (بسم الله الرحمن الرحيم) فوقع على الأرض ولم يتحرّك بعد.
وأوّل من أُخبر بوفاته الشيخ محمود بن الشيخ معراج الشريفي ، وأخبره والشيخ علي أكبر الهمداني والسيّد علي الشاهرودي والسيّد المستنبط ، وبات بعضهم عند جنازته تلك الليلة ، وصباحاً قام عدد من العلماء بغسله وتكفينه ، وحضر في تشييعه حدود ٣٠٠ شخصاً من الخواصّ ، وصلّى على جنازته الشيخ حسين الأنواري ، ودفن في مقبرة خاصّة للشيخ الأنواري المذكور في وادي السلام بالنجف.
وأقيمت له مجالس الفاتحة من قبل العلماء ، وخاصّة آية الله السيّد الخوئي رحمهالله ، وأرسل آية الله السيّد الشاهرودي رحمهالله الخبر برقيّاً إلى بلدة