بعد إشاعة تلك التهمة بين الإسرائيليّين خاف من بطشهم وشرورهم ، فانتقل إلى بستان ودخل في شجرة واختفى فيها ، فعلم أشرار قومه بمخبئه ، وجاءوا إليه وقطعوا الشجرة إلى نصفين وهو بداخلها ، فانقسم إلى شطرين ومات شهيدا في سبيل الله.

دفن في بيت المقدس ، وله فيه مرقد يزار.

وكان عمره يوم شهادته ٩٩ سنة ، وقيل : ١٠٠ سنة ، وقيل أكثر من ذلك ، ويقال : إنّه مات موتا طبيعيا.

القرآن العظيم وزكريا عليه‌السلام

شملته الآية ٦١ من سورة البقرة : (وَيَقْتُلُونَ النَّبِيِّينَ ....)

والآية ٨٧ من نفس السورة : (فَفَرِيقاً كَذَّبْتُمْ وَفَرِيقاً تَقْتُلُونَ.)

وجاء ذكره في الآية ٣٧ من سورة آل عمران : (وَكَفَّلَها زَكَرِيَّا كُلَّما دَخَلَ عَلَيْها زَكَرِيَّا الْمِحْرابَ وَجَدَ عِنْدَها رِزْقاً قالَ يا مَرْيَمُ أَنَّى لَكِ هذا ....)

والآية ٣٨ من نفس السورة : (هُنالِكَ دَعا زَكَرِيَّا رَبَّهُ قالَ رَبِّ هَبْ لِي مِنْ لَدُنْكَ ذُرِّيَّةً طَيِّبَةً ....)

والآية ٨٥ من سورة الأنعام : (وَزَكَرِيَّا وَيَحْيى وَعِيسى وَإِلْياسَ كُلٌّ مِنَ الصَّالِحِينَ.)

وفي سورة مريم نزلت فيه بعض الآيات ، وهي :

الآية ٢ : (ذِكْرُ رَحْمَتِ رَبِّكَ عَبْدَهُ زَكَرِيَّا.)

والآية ٤ : (قالَ رَبِّ إِنِّي وَهَنَ الْعَظْمُ مِنِّي ....)

والآية ٥ : (وَإِنِّي خِفْتُ الْمَوالِيَ مِنْ وَرائِي ....)

والآية ٦ : (يَرِثُنِي وَيَرِثُ مِنْ آلِ يَعْقُوبَ ....)

والآية ٧ : (يا زَكَرِيَّا إِنَّا نُبَشِّرُكَ بِغُلامٍ اسْمُهُ يَحْيى ....)

والآية ٨ : (قالَ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلامٌ ....)

والآية ١٠ : (قالَ رَبِّ اجْعَلْ لِي آيَةً ....)

والآية ١١ : (فَخَرَجَ عَلى قَوْمِهِ مِنَ الْمِحْرابِ ....)