يمكن تقسيم مؤلفات الشيخ الطوسي من حيث تنوع موضوعاتها إلى العلوم الاسلامية التالية :
١ ـ التفسير وعلوم القران ، وله فيه :
أ : التبيان.
ب : المسائل الرجبية.
ج : المسائل الدمشقية.
٢ ـ الحديث ، وله فيه :
أ : تهذيب الأحكام.
ب : الاستبصار فيما اختلف من الاخبار.
٣ ـ الرجال ، وله فيها :
أ : الفهرست.
ب : الرجال.
ج : اختيار الرجال.
٤ ـ علم الكلام والإمامة ، وله فيه :
أ. تلخيص الشافي.
ب : الغيبة.
ج : المفصح في الإمامة.
د : الاقتصاد فيما يجب على العباد.
هـ : النقض على ابن شاذان في مسألة الغار.
و. مقدمة في المدخل إلى علم الكلام.
ز. رياضة العقول ، في شرح المدخل المتقدم.
ح : ما يعلل وما لا يعلل.
ط : أصول العقائد.