وعلى بعد ٢٥٠ م. شمال شرق المعبد ، اكتشفت بقايا كنيسة بيزنطيّة بنيت في القرن الخامس ، على اسم" القديس يوحنّا" حسب النقوش اليونانيّة الواردة في الفسيفساء التي تكسو أرضها وتحوي رسوما لأنواع من الطيور والشجر ، ولم يبق منها سوى جزء شماليّ صحن الكنيسة. أمّا المذهل بين رسومات الفسيفساء فهو رسم الصليب المعقوف الذي اتّخذه هتلر شعارا للنّازيّة.

الدير الأنطوني

سنة ١٧٤٨ ، وهب الأمير يوسف مراد اللمعيّ الأباتي سمعان عريض رئيس عام الرهبانيّة الأنطونيّة أرض هذا الدير المعروفة بأرض القلعة بموجب صكّ جاء في نصّه" أنّ على الرهبان الأنطونيّين أن يعمّروا ديرا جديدا في بيروت العتيقة". وقد باشر الأنطونيّون ببناء الدير باهتمام الأباتي سمعان عريض ، الذي سافر الى أوروبا لجمع المال في سنتي ١٧٥٧ و ١٧٥٨ ، وكان يرسل ما يجمعه إلى الآباء ، وهم يعمّرون الدير ويشترون له المزيد من الأرزاق. ويفيد تاريخ كان على باب كنيسة الدير قبل نهاية القرن التاسع عشر أنّ بناء الكنيسة القديمة قد تمّ سنة ١٧٤٨ على أيدي الأباتي عريض والقسّ ابراهيم عون. وقبل بناء الكنيسة ، كان الآباء يقدّمون الذبيحة في القبو المعروف بقبو مار أنطونيوس ، ولا تزال آثار المذبح ظاهرة فيه. وقد جدّدت الرهبانيّة الأنطونيّة في أبنية هذا الدير على مراحل ، وهو اليوم محطّ أنظار السيّاح الأجانب الذين يئمّونه للإطلاع على الآثار العظيمة المحيطة به.

وعلى مقربة من الدير ، كنيسة على اسم مار ساسين ، يحتفل الناس فيها بعيده الواقع في ١٥ أيلول ، فتجتمع في المكان ألوف الخلائق ، ويحيون حفلات صاخبة كأنّ فيها بعض من امتداد الحفلات التي كانت تقام في المكان نفسه أيام الرومان.