توجد هناك بعض الاختلافات بينهما :
ـ إنّ ترتيب عرض المواضيع في الكتابين مختلف.
ـ في رسالة سعد بن عبد الله تمّ إدراج المسائل ضمن أبواب مختلفة عمّا عليه في تفسير النعماني.
ـ في رسالة سعد بن عبد الله قد وضعت الأحاديث في تضاعيف النصّ.
(وقد أشار العلاّمة المجلسي في كلامه إلى هذه الاختلافات الثلاثة).
ـ مضافاً إلى ذلك أنّ ألفاظ هذين النصّين تختلف أحياناً عن بعضهما البعض.
ـ إنّ رسالة سعد بن عبد الله تخلو من فهرسة للعناوين.
ـ إنّ إسناد الروايات إلى الأئمّة عليهمالسلام يتمّ على شكلين مختلفين في كلّ من الكتابين.
ـ إنّ ظاهر تفسير النعماني هو عبارة عن حديث واحد عن الإمام أمير المؤمنين عليهالسلام ، وأمّا تفسير سعد بن عبد الله فقد نقل هذا الحديث عن أمير المؤمنين ولكن بترتيب آخر ، فتارة ينقل على شكل رواية مرسلة عن الإمام الصادق عليهالسلام ، وتارة عن الإمام الباقر عليهالسلام ، وتارة عن أمير المؤمنين عليهالسلام بشكل غير مباشر ، وتارة إسناده إلى إجماع المسلمين.
ولتوضيح هذه الاختلافات اخترنا ثلاثة نصوص من هاتين الرسالتين ، علماً بأنّ النصّ الأوّل هو عبارة عن عدّة مقاطع ، ومن خلال مقارنة هذين