من الوثائق المدنية ، منها :

أ) وثيقة استلام الهديّة للحرم النبوي ، وهي التي أرسلها السلطان حسين بايقرا التيموري بواسطة المولى عبد الرحمن الجامي الشهير.

ب) وثائق الوقفية للحرمين الشريفين ، ولمرقد الإمام جعفر الصادق عليه‌السلام وللسادة الأشراف الحسينيّين المدنييّن.

ج) رسالة الشيخ الواثقي إلى مركز بحوث المدينة حول التعريف بالثلث الأخير المخطوط من كتاب (التحفة اللطيفة) للحافظ السخاوي.

٢٧ ـ هداية الصديق إلى حكاية الحريق ، تأليف : فضل الله بن روز بهان الخُنْجي الإصفهاني (ت ٩٢٥هـ). تحقيق : الأستاذ محمّد تقي دانش پژوه ، مراجعة : الشيخ حسين الواثقي ، (ص١٠٤١ ـ ١٠٧٦). وهي رسالة نافعة في تاريخ الحريق الواقع في المسجد النبوي الشريف ، الذي حدث في العشر الأواسط من شهر رمضان المبارك سنة ٨٨٦هـ.

٢٨ ـ المصاحف الشريفة المخطوطة في خزانة الروضة النبوية ، فهرسها : الأميرال أيّوب صبري باشا (ت ١٣٠٨هـك) ، إعداد : الشيخ حسين الواثقي (ص١٠٧٧ ـ ١١٠٤). وقد ذيّل المحقّق بالتعريف بالمصحف الكريم بخطّ الشريف جمّاز بن القاسم أمير المدينة المنوّرة (حكم سنة ٥٨٣ ـ ٦١٢هـ).

٢٩ ـ الشمّامة المهداة من السلطان الصفوي العلوي إلى روضة النبي(صلى الله عليه وآله) (ص ١١٠٥ ـ ١١٥٠).

تتحدّث هذه الرسالة عن حادثة تاريخية وقعت في المدينة المنوّرة ، ملخّصها : إنّ السلطان حسين الصفوي الهاشمي ، (حكم ١١٠٥ ـ ١١٣٥هـ) ، نذر لله