من المناهج التي طبقت في قراءة التاريخ ، كمنهج الشك مثلاً عند أسد رستم الذي يرى ان شك المؤرخ رائع حكمته ، وهو يذهب اليه انجلو وسينويوس من أن نقطة الابتداء للباحث هي ( الشك المنهجي ) بحيث يرتاب المؤرخ في كل الأقوال ، وهو ما يذهب اليه أيضاً حسن عثمان ، وقد علل عبد الرحمن بدوي أسباب الكذب في التاريخ من خلال رؤية عقلية أو حدسية ، وفقاعة المالكي واحتدام مشاعره في سياق الفعل الكتابي أدى اليه دأبه ، وتقصيه للقضايا القابلة للتداول وغير القابلة ، وهو ما لا نجده عند كثير من لداته ، وشيء آخر أرجو أن يتقبله المؤرخون المعاصرون ، وهو تخوفهم وترددهم ، وضعف آلياتهم ونميطتهم في تناول الأشياء والأحداث ، وقلة بضاعة البعض منهم ولو أن أحداً منهم كشف عن ساقه ودعى بقلمه ومحبرته ونازل الرجل من خلال علمية متفوقة ومنهجية منضبطة ، لكان بالامكان حفظ التوازن بين داخل بآليات صارمة ، ومدافع من خلال آليات متسامحة.

وأنا أتحفظ على جرأة المالكي ، ومحدودية تناوله والتي يأتي في ذروتها « البيعة » و « ابن سبأ » و « سيف بن عمر » وأتمنى لو أنه حد من اندفاعه ، وخفف من حدته ، وعدل من أحكامه ، وبحث في قضايا غير مطروقة ، وغير مثيرة للتساؤل والشك ، ثم ـ بعد تناوله ـ أرجأ اصدار الأحكام ، وترفع عن التحدي ، وطلب المبارزة ، فالأمر ليس من السهولة بحيث تتلاحق فيه الأحكام بهذه الحدة ، وبتلك الجرأة. ولنأخذ على سبيل المثال موقفه من ظاهرة « عبد الله بن سبأ » بعد اتفاقنا معه فيما يتعلق بالبيعة لعلي ، وضعف ابن عمر في الحديث وهشاشة بعض الرسائل العلمية في منهجها ، ومادتها ، ونتائجها.

لقد تساوق مع غيره من مذهبيين ومستشرقين ، وعقلانيين ، في انكار