الخصائص التي ميزت تفسير عيون التفسير للفضلاء السماسير عن غيره من التفاسير الأخرى :

١. ذكر وجوه القراءات المختلفة بطريقة مختصرة ؛ ولم يذكر اسم صاحب القراءة إلا في مكان أو مكانين. وأشير إلى المعاني المختلفة والإعراب واشتقاق الكلمات على حسب القراءة.

٢. أعربت الآيات بطريقة مختصرة وسهلة بدون الدخول في التفرعات ولا النقاش فيها مع ذكر ما قدر في الإعراب.

٣. اهتم المفسر ببيان تناسق وتناسب كلمات الآيات في نفسها وفيما بينها ولكن لم يهتم اهتمامها بتناسب السور.

٤. اهتم المفسر كثيرا في إعطاء المعنى للآية بطريقة سهلة ومفهومة وبهذه الطريقة اجتهد المفسر في كشف كنوز القرآن.

كانت هذه الخصائص مميزة لتفسير عيون التفاسير عن غيره من التفاسير بيد أن هناك خصائص أخرى موجودة.