بمكتبة آية الله العظمى المرعشي ـ قدس‌سره ـ بقم. وقد جاء توصيف النسخة في المجلد الثالث من فهرس النسخ المصورة في المكتبة.

وهذه النسخة أصل لبعض النسخ الآتي ذكرها كما سأشير لذلك. وتختلف مع القسم الأول في السياق ، كما انها تنقص عنه شيئا ؛ إذ أنها تشرع بالمباحثة الرابعة ـ ولا يوجد فيها ما في صدر الرسالة من الرقم (١٢٧) إلى آخر (١٤١) وجاء بدلا من هذا كله :

«بسم الله الرحمن الرحيم. رب يسّر بلطفك العميم. الحمد لله واهب العقل ، مفيض العلم ، والصلاة على رسله ، خصوصا على محمد وآله ...».

ثم جاء الرقم (١٤٢) «ما معنى العقل بالقوة ...» إلى آخر الرقم (٢٦٦) وذلك يطابق الورقة (١٦ ب ـ ٢٣ آ) منها. ومن هنا كتبت المباحثة الاولى «وصل للشيخ عدة كتب ...» الرقم (١) إلى آخر الرقم (٣١) وذلك يطابق الورقة (٢٣ آ ـ ٢٥ ب). وهنا انتقل إلى الرقم (٢٦٧) إلى اخر الرقم (٣٠٩) وذلك يطابق الورقة (٢٦ آ ـ ٢٧ ب). ثم كتبت المباحثة الثانية ، الرقم (٣٢) «وصل كتاب الشيخ الفاضل ...» إلى آخر المباحثة ، الرقم (٤٦). ويطابق الورقة (٢٧ ب ـ ٢٩ آ). ثم يوجد الرقم (٣١٠) إلى آخر الرقم (٣٩٦) ويطابق الورقة (٢٩ آ ـ ٣٣ ب) منها. ثم تشرع المباحثة الثالثة ، الرقم (٤٧) «وصل خطاب الشيخ الفاضل ...» إلى آخر المباحثة ، الرقم (١٢٦) ويطابق الورقة (٣٣ ب ـ ٣٩ ب) ثم تشرع المباحثة السادسة ولا يوجد فيها ما في صدر الرسالة وتشرع بالسؤال الرقم (٤٠٠) إلى آخر الرقم (٧٨٧) ويطابق الورقة (٣٩ ب ـ ٦٧ آ) وبقية المباحثة السادسة غير موجودة فيها. وجاء في آخر الرسالة :

«هذا آخر الموجود من هذا الكتاب تم كتاب المباحثات المعروف