مع قواته الاساسية لكن ذلك لم يرهب الوالي الشجاع فواصل صد هجمات العدو لمدة اربعين يوماً إلى ان استطاع تيمور في النهاية دخول المدينة عنوة في ٢٢ تموز عام ١٤٠١ م. وقد خرب المغول المدينة تخريباً شديداً عقاباً لها على المقاومة فقد امر قائدهم بصنع اهرام كبيرة من الجماجم البشرية وقد بلغ عدد الذين قتلوا من سكانها لهذا الغرض مايقرب من التسعين الف شخص. وفي الوقت نفسه تميز دخول ابي بكر ميرزا حفيد تيمور إلى البصرة وكان قد عين لادارتها بقسوة لاتقل عن قسوة جده الاعرج.

ولم يكل الاليكان احمد بن اويس بل ظل وفاة تيمور التي حلت في عام ١٤٠٥ م لكي يستعيد بغداد التي خربها المغول. وبعد ان نجح في ذلك تمكن من ان يستعيد بالقوة من ابي بكر ميرزا جنوب العراق باجمعه وذلك بمساعدة حليفة المخلص قره يوسف زعيم تركمان قونيلو. غير ان العداء لم يلبث مع ذلك ان نشب بين هذين الصديقين الحميمين من اجل الاستيلاء على اذربيجان وقد اندحر احمد بن اويس عندما حاول ان يطرد قره يوسف من المنطقة المتنازع عليها بالقوة ، على يد هذا الاخير فاعدم مع ابنائه. وقد فتح موت الجلائري لقره يوسف الطريق إلى بغداد التي كان يحكمها ابن اخ احمد واسمه الشاه ولد. وقد استسلم هذا للزعيم التركماني بعد معركة حامية دارت بين الاثنين في ١٤١١ م. اما جنوب العراق التي كانت تحكمه في البداية ارملة الشاه ولد ومن ثم حكمه ابناء زوجها فانه لم يخضع لاي من ابناء قره يوسف الا في عام ١٤٣١ م عندما سقط اخر الجلائريين قتيلاً في اشتباك جرى بينه وبين تركمان القرة قونيلو.

لقد كان جهان شاه ، وهو اكثر ابناء قره يوسف شهرة ، ماهراً في استغلال المنازعات والخلافات القائمة بين خلفاء تيمور لتوسيع ارث ابيه