أدبية بالمغرب ، ثم رحل إلى تركيا ، وأقام بها وقتا قصيرا ثم حضر إلى دمشق حيث عين مدرسا بمدرستها الثانوية الوحيدة يومذاك ، ـ وكانت تعرف بمدرسة عنبر ـ وظل في دمشق إلى أوائل الحرب العالمية ، ثم رجع إلى استانبول فانتدبته الدولة العثمانية إلى برلين مع بعثة مؤلفة من كبار علماء شمال افريقيا للاتصال بأبناء شمال افريقيا ممن وقعوا في أسر الألمان أثناء الحرب وبانتهاء الحرب عاد إلى دمشق مدرسا في نفس المدرسة وكان العهد عهد الحكومة الفيصلية الوطنية ..

وكانت الحكومة الفرنسية قد حكمت عليه بالإعدام ، لانضمامه إلى الدولة العثمانية ولذهابه إلى ألمانيا ـ كما مر ذكره ـ فما أن دخلت فرنسا سوريا حتى غادرها جميع الأحرار من المجاهدين العرب وكان منهم الفقيد الشيخ الخضر فجاء إلى مصر حوالي عام ١٩٢٠ م وظل فيها بعض الوقت مغمورا ثم عرف فضله ومكانته فعين أولا مصححا بدار الكتب المصرية.

وفي هذه الأثناء صدر في مصر كتابان شهيران أحدثا دويا في ذلك الوقت في الأوساط الفكرية وهما كتاب «الإسلام وأصول الحكم» للعالم الأزهري الشيخ علي عبد الرازق وكتاب «في الشعر الجاهلي» للدكتور طه حسين ، ونظرا لما اشتمل عليه هذان الكتابان من آراء مضللة تصدى بعض كبار الباحثين للرد على كل منهما ، وكان للمرحوم الشيخ محمد الخضر حسين فضل الرد على كلا الكتابين حينئذ حيث أفرد لكل منهما كتابا مستقلا كانا من خير ما كتبه الكاتبون في هذا المجال.

وظل الفقيد يعمل مصححا بدار الكتب بضع سنوات إلى أن منح شهادة العالمية الأزهرية ثم تعين مدرسا بالأزهر وكان ذلك في عهد الشيخ المراغى .. وأخيرا تعين عضوا في هيئة كبار العلماء وهو المنصب الذي أهله فيما بعد لأن يصبح شيخا للأزهر ..

وعقب تعيينه مدرسا بالأزهر أنشأ جمعية الهداية الإسلامية بمصر وظل يرأسها ويرأس مجلتها إلى عهد قريب ، كما كان أول رئيس تحرير