فرص عدة ، ففي سنة ٣٧٨ ه‍ جدد فيه العزيز بالله أشياء ، ثم جدده ولده الحاكم بأمر الله وزوده بمجموعة من التنانير الفضية ، ورتب له في سنة ٤٠٠ ه‍ مع بعض المنشآت الفاطمية الأخرى أوقافا ينفق من ريعها على إدارته وشؤونه ، فكانت أول وقفية رتبت للجامع الأزهر. وقام الخليفة المستنصر بالله أيضا بتجديد الأزهر ، وجدده من بعده الحافظ لدين الله ، وأنشأ فيه مما يلي الباب الغربي مقصورة عرفت بمقصورة فاطمة الزهراء ... وفي عهد الملك الظاهر بيبرس ، قام الأمير عز الدين أيدمر الحلى ، نائب السلطة بعمارته وتجديده تجديدا شاملا ، وكان الخراب قد تطرق اليه ، فأنفق على عمارته وإصلاحه وتجميله أموالا عظيمة ، وسعى في اعادة خطبة الجمعة اليه كما سنذكر ، وفي سنة ٧٠٢ ه‍ في عهد السلطان الملك الناصر وقعت بمصر زلزلة عظيمة ، وسقطت منشآت عدة منها الجامع الأزهر ، فقام أمراء الدولة على عمارة هذه المنشآت ، وتولى عمارة الجامع الأزهر الأمير سلار ، وأنشأ الأمير علاء الدين طيبرس نقيب الجيوش مدرسته التي عرفت باسمه «الطيبرسية» بجوار الجامع الأزهر من الجهة الغربية البحرية لتكون ملحقا له ، وكمل بناءها في سنة ٧٠٩ ه‍ وقرر بها درسا للشافعية ، وبعد ذلك بقليل أنشأ الأمير علاء الدين أقبغا عبد الواحد ، أستاذ دار الملك الناصر مدرسته المقابلة لها في الزاوية البحرية الغربية للجامع الأزهر ، مكان دار الأمير عز الدين أيدمر الحلى وقد تم بناؤها عام ٧٤٠ ه‍ وأنشأ بها دروسا للشافعية والحنفية وملجأ للصوفية. وقد حجبت المدرستان الطيبرسية والأقبغاوية واجهة الجامع الأزهر الغربية وما زالتا قائمتين في مكانهما إلى اليوم. وفي سنة ٧٢٥ ه‍ قام بتجديد الجامع الأزهر وعمارته القاضي نجم الدين محتسب القاهرة ، ثم جددت عمارته سنة إحدى وستين وسبعمائة في عهد السلطان الملك الناصر حسن على يد الأمير سعد الدين بشير الجامدار ، وكان يسكن على مقربة من الأزهر ، فاستأذن السلطان في إصلاحه وقام فيه بعمارة شاملة ، وأنشأ فيه دروسا جديدة للفقه الحنفي ، ورتب لطلابه أطعمة توزع عليهم كل يوم ،