وقد حدثت في الأزهر في هذا العهد عدة حوادث مختلفة .. فلما توفي ثاني شيخ للأزهر وهو الشيخ النشرتي وقعت فتنة بالأزهر عام ١١٢٠ ه‍ بسبب المشيخة والتدريس بالاقبغاوية وافترق المجاورون فرقتين فرقة تريد الشيخ أحمد النفراوي والأخرى تريد الشيخ عبد الباقي القليني ولم يكن حاضرا بمصر ، فتعصب له جماعة النشرتي ، وارسلوا يستعجلونه للحضور فقبل حضوره تصدر الشيخ النفراوي وحضر للتدريس بالاقبغاوية فمنعه القاطنون بها وحضر القليني فانضم اليه جماعة النشرتي وتعصبوا له فحضر جماعة النفراوي الى الجامع ليلا ومعهم بنادق وأسلحة وضربوا بالبنادق في الجامع وأخرجوا جماعة القليني وكسروا باب الاقبغاوية وأجلسوا النفراوي مكان النشرتي ، فاجتمعت جماعة القليني في يومها بعد العصر وكبسوا الجامع واقفلوا ابوابه وتضاربوا مع جماعة النفراوي فقتلوا منهم نحو العشرة وجرح بينهم جرحى كثيرون وانتهبت الخزائن وكسرت القناديل وحضر الوالى فأخرج القتلى وتفرق المجاورون ولم يبق بالجامع أحد ولم يصل فيه ذلك اليوم وأمر النفراوي بلزوم بيته واستقر القليني مكانه.

ولما قربت وفاة شيخ الاسلام الشيخ الدمنهوري الشيخ التاسع للأزهر رغب الشيخ العريشي الحنفي في المشيخة اذ هي اعظم مناصب العلماء فحضر الى الجامع مع ابراهيم بك وجمع الفقهاء والمشايخ وعرفهم أن الشيخ الدمنهوري أقامه وكيلا وبعد أيام توفي الشيخ الدمنهوري فتعين هو للمشيخة بتلك الطريقة وساعده الأمراء وكبراء الأشياخ وأبو الأنور السادات وكاد أمره يتم ، ومنع من ذلك اجتماع بعض الشافعية وذهابهم إلى الشيخ أحمد الجوهري حيث ساروا إلى بيت البكري وجمعوا عليهم جملة من أكابر الشافعية مثل الشيخ احمد العروسي والشيخ أحمد السمنودي والشيخ حسن الكفراوي ، وكتبوا طلبا للأمراء مضمونه أن مشيخة الأزهر من مناصب الشافعية وليس للحنفية فيها قديم عهد وخصوصا إذا كان آفاقيا كالشيخ عبد الرحمن العريشي وفي العلماء الشافعية من هو أهل لذلك