ولما عين الأستاذ المراغى ، شيخا للأزهر سنة ١٩٢٨ وشاع الخبر في أسيوط ، اتفق ان أصيب الشيخ الأحمدي بمرض شديد ، أثار حوله الأقاويل ، ولكنه شفي منه ، وبعد قليل نقل شيخا لمعهد طنطا ، في يوليو ـ ١٩٢٧.

وفي أكتوبر ١٩٢٩ استقال الشيخ المراغى ، وعين الشيخ الأحمدي ، شيخا للأزهر.

وفي ٢٨ أبريل ١٩٣٥ استقال من وظيفة المشيخة وعين الشيخ المراغى مكانه ... ويقول الدكتور عثمان أمين عنه من كلمة له :

«يرجع اهتمامي بالشيخ الظواهري إلى ما قرأته عنده لأحد المستشرقين ، في النسخة الفرنسية لدائرة المعارف الإسلامية ، تعريفا بكتاب له عنوانه «العلم والعلماء» نشر بطنطا سنة ١٩٠٤ ، وقد أحببت أن أقتطف من مقال ذلك المستشرق ما ترجمته إلى العربية : «إن روح الإخلاص والصفاء التي تظهر في هذا الكتاب لتعد نادرة حتى بيننا نحن المسيحيين ، فما بالك بوجودها في الإسلام الذي دب فيه الجمود» ومن العجب جدا في هذا الكتاب الجمع بين وجهة النظر الإسلامية والإحساس بفائدة ما يأتي من مصادر أخرى. فالمؤلف يرى أنه يجب أن يأخذ المسلمون ليس عن أوروبا فحسب ، بل عن الصين واليابان ايضا. ويرى أن من بين المواد التي ينبغي دراستها الدعوة للإسلام ، ويرغب المؤلف في عقد المؤتمرات السنوية لبناء فكرة الجامعة الإسلامية ثم يعين وسائل الثقافة التي تتطلبها لجان من العلماء ، واخراج دائرة معارف ، ونشر التعليم الجامعي بين أفراد الأمة ، كما قال إنه يجب تطهير الإسلام من الخزعبلات والعوائق التي تبهظه. والكتاب على كل حال برهان ساطع على عقيدة الكاتب الراسخة وإيمانه بالمثل العليا».

أغراني هذا الوصف الذي قرأته في باريس بالبحث عن الكتاب في مصر. فلما قرأت الكتاب بنفسي انكشف لي منه أمران : أولهما ان مؤلفه