استقالته من الإفتاء ، وذلك يوم الثلاثاء ١١ ديسمبر عام ١٩٤٥.

وأصدر كبار الشيوخ وفي مقدمتهم الشيخ الشناوي بعد ذلك بيومين بيانا تاريخيا للأمة الإسلامية عن الخلاف بين الأزهر الشريف والحكومة في شأن مشيخة الجامع الأزهر ، إثر إقدام الحكومة على تعديل قانون الأزهر وتعيين المغفور له الأستاذ الأكبر الشيخ مصطفى عبد الرازق شيخا للأزهر ، وقد رفع هذا البيان إلى المسئولين في ١٣ ديسمبر عام ١٩٤٥.

ـ ٥ ـ

وفي مساء يوم الأحد ٧ ربيع الأول عام ١٣٦٧ ه‍ ـ ١٨ يناير عام ١٩٤٨ عين الأستاذ الأكبر الشيخ محمد مأمون الشناوي شيخا للأزهر الشريف بعد شيخه الراحل المغفور له الأستاذ الشيخ مصطفى عبد الرازق.

واستقبل فضيلته من الأزهريين ومن العالم الإسلامي استقبالا رائعا. وللأستاذ الأكبر الشيخ الشناوي مآثر خالدة على الأزهر في عهد مشيخته ..

ففي عهده أنشىء معهد محمد علي الديني بالمنصورة ومعهد منوف ، وأنشئت الوحدة الصحية للأزهر ، وضم معهد المنيا وجرجا وسمنود إلى الأزهر. وزادت البعوث الإسلامية إلى الأزهر ، كما زادت بعثات الأزهر إلى البلاد العربية والإسلامية.

وفي عهده ألغي البغاء الرسمي ، وجعل الدين مادة أساسية في المدارس ، وحوربت الفوضى الخلقية والاجتماعية والصور الخليعة ، وحددت الخمور في المحلات العامة.

وفي عهده نقلت كلية اللغة من الصليبة إلى البراموني ، ونقلت كلية الشريعة إلى المباني الجديدة للجامعة الأزهرية ، واشترك الأزهر في المؤتمر الثقافي العربي ، وتمت أماني كلية اللغة في المساواة بينها وبين معاهد اللغة العربية المختلفة ،