المذاهب بمعاني القرآن الكريم ، وليس هو تفسير القرآن الكريم بمعاني المذاهب أو بنصوصها أو بأقوال الرواة فيها.
ولقد كان هذا هو إيمان الإمام الفقيد بالكتاب المبين ، وكان هذا هو منهجه في الاحتكام بالمذاهب إلى آياته وأحكامه ، مستقلة عما يضاف إليها من شروح المختلفين وتأويلات أصحاب الرأي أو أصحاب اللغة من المفسرين.
وقد لخص العالم الفاضل الدكتور محمد البهى هذا المنهج في تقديمه لتفسير الإمام الفقيد فقال : «التفسير الذي نقدمه اليوم للمسلمين هو تفسير للمسلمين أجمعين ، لا لمذهب معين من المذاهب الفقهية ، ولا للون من ألوان العقيدة الكلامية ولا لاتجاه خاص من اتجاهات أهل الظاهر أو أهل الباطن».
ثم قال عن المنهج الذي اختاره الأستاذ المفسر واقتدى فيه بالمعلم المصلح العظيم محمد عبده فقال : إنه منهج «جعل السورة وحدة واحدة ، يوضح مراميها وأهدافها وما فيها من عبر ومبادىء إنسانية عامة» ، وأنه لا يقحم في القرآن على القرآن من رأي خارج عنه ، أو مصطلح انتزع من مصدر آخر ، فجعل كلمات القرآن يفسر بعضها بعضا كما أطلق الحرية للقرآن في أن يدلى بما يريد دون أن يحمل على ما يراد.
وبهذه المثابة يصبح تفسير القرآن تفسيرا للمسلمين جميعا ، وعليه يقام أساس التوفيق بين المسلمين أجمعين ، وهي أمانة لا يضطلع بها غير أهلها من القادرين على الاستقلال بالفهم وعلى مواجهة الخلاف بما ينبغي للمجتهد من الشجاعة الصادقة ووسائل الإقناع بإحسان ، وما ينبغي للمجتهد المعلم خاصة من الصمود إلى غاية التعليم ، وغاية المعهد العلمي الذي يتولاه.
وصف الإمام الفقيد رسالة الجامع الأزهر معهد العلم الإسلامي