وفي سنة ٧٨٤ ه‍ ولي الأمير بهادر المقدم على المماليك السلطانية نظر الجامع الأزهر ، ونجز مرسوم السلطان برقوق بأن من مات من مجاوري الجامع الأزهر من غير وارث شرعي وترك شيئا فإنه يأخذه المجاورون بالجامع ، ونقش بذلك على حجر عند الباب الكبير وهو غير موجود الآن.

وكان عدد طلبة الأزهر في أوائل القرن الثامن ٥٧٠ طالبا كما يقول المقريزي. وفي سنة ٨٠٠ هدمت منارة الأزهر وكانت قصيرة وعمرت بأطول منها وبلغت النفقة عليها من مال السلطان خمسة عشر ألف درهم ، وكملت في ربيع الآخر من السنة المذكورة فعلقت القناديل فيها ليلة الجمعة من هذا الشهر وأوقدت حتى اشتعل الضوء من أعلاها إلى أسفلها ، واجتمع القراء والوعاظ به وتلوا ختمة شريفة ودعوا للسلطان ، ولم تزل هذه المنارة إلى شوال سنة ٨١٨ فهدمت لميل ظهر فيها وعمل بدلها منارة من حجر على باب الجامع البحري بعدما هدم الباب وأعيد بناؤه بالحجر وركبت المنارة فوق عقده ، وأخذ الحجر لها من مدرسة الملك الأشرف خليل التي كانت تجاه قلعة الجبل ثم هدمها الملك الناصر فرج بن برقوق ، وقام بعمارة ذلك الأمير تاج الدين الشوبكي والى القاهرة ومحتسبها ، وتمت سنة ٨١٨ فلم تقم غير قليل ومالت حتى كادت تسقط ، فهدمت سنة ٨٢٧ ، وأعيدت وفي هذه السنة ابتدىء بعمل الصهريج الذي بوسط الجامع فوجد هناك آثار فسقية ماء ووجد أيضا جثث أموات. وتم بناؤه في ربيع الأول سنة ٧٢٧ ه‍ وعمل بأعلاه مكان مرتفع له قبة يسيل فيه الماء وغرس بصحن الجامع أربع شجرات ولم تفلح وماتت ، ولم يكن للجامع الأزهر ميضأة عندما بني ، ثم عملت ميضأته.

وفي سنة ٨١٨ ه‍ تولى نظارة الجامع الأزهر الأمير سودوب حاجب الحجاب ، فأهان طلبة الأزهر وأخرجهم منه وكان عددهم يومئذ ٧٥٠ طالبا من شتى البلاد الإسلامية وأنحاء مصر ، وكان الأزهر يومئذ عامرا بتلاوة