في الإشراف على شؤون المكتبة العامة حتى سنة ١٣٨٨ ه.
جهوده العلمية :
** قام الشيخ جعفر فقيه بالاشتراك مع الأستاذ هاشم دفتردار بتأليف كتاب عن توسعة الحرم النبوي الشريف ، وضم الكتاب فصولا عن توسعات المسجد النبوي التاريخية ، والأسباب التي دعت إلى التوسعة السعودية الأولى ، وصدور الأمر الملكي الكريم بذلك ، وعن المسجد النبوي الشريف قبل التوسعة ، ثم عن المسجد النبوي الشريف بعد العمارة ، التي ابتدأها الملك عبد العزيز ، وأتمها الملك سعود ، ـ رحمهماالله ـ لتصبح المساحة التي انتهت بها توسعة المسجد النبوي الشريف هي ١٦٣٢٦ م وتوضح أعمال هذه التوسعة خارطة خاصة بالتوسعة السعودية الأولى ، كما يضم الكتاب فصولا عن مساجد المدينة المنورة وإصلاحها ، وعن المستشفى الذي تم إنشاؤه بالمدينة ، وأطلق عليه اسم : «مستشفى جلالة الملك عبد العزيز» ثم عن مبنى الكلية الإسلامية ، الذي تم تعميره ليصبح مقرا لمدرسة طيبة الثانوية.
وقد رعى خادم الحرمين الشريفين فهد بن عبد العزيز ، رعاه الله ، الذي كان عندئذ وزيرا للمعارف ، مهمة استلام مبنى هذا الصرح العلمي.
كما تطرق الكتاب للمشروعات الكثيرة التي تمت في تلك الفترة في بلد المصطفى ـ صلىاللهعليهوسلم ـ ومنها إنشاء خزانات ماء الشرب ، وإنشاء محطة الكهرباء ، وتعبيد طرق المدينة وإنشاء طريق جدة ـ المدينة ، وإقامة السدود الزراعية العديدة.
كتاب خلاصة الوفاء بأخبار دار المصطفى ـ صلىاللهعليهوسلم :
** وهو أحد مؤلفات مؤرخ المدينة نور الدين علي بن عبد الله السمهودي (٨٤٤ ـ ٩١١ ه) وقد ألفه المؤلف ـ كما يذكر الشيخ حمد الجاسر سنة ٨٩١ ه ، وقد اختصر فيه كتابه «وفاء الوفاء» في نحو نصفه مع جمع مقاصده. (٤)
قد طبع الكتاب عدة طبعات ، أولاها في بولاق سنة ١٣٥٨ ه (٥) ثم نجد طبعة أخرى لهذا الكتاب ، وقد أشرف على طباعتها الشيخ جعفر فقيه ، سنة ١٣٦٧ ه وقامت دار إحياء الكتب العربية بنشره ، كما قام الشيخ جعفر نفسه