ثانيها : ترتيب هذه الآيات القرآنية ، وما يتصل بها من أحاديث صحيحة ، حسب مناسبات النزول ، كترتيب الآيات المكية أولا ، ثم الآيات المدنيّة ، وما ارتبط بكل منهما من أحداث ، وأخبار ، وأقوال للصحابة والتابعين.
ثالثها : التوفيق بين الآيات ، بعضها مع بعض ، لإزاحة ما قد تتبادر إلى الإذهان مما هو موهم بالتناقض أو الاختلاف.
رابعها : تفسير الآيات أثناء عرضها ، تفسيرا موضوعيا ، يفهم منه الحكمة الإلهية ، فى إيراد الآيات ، والغرض الأسمى فى هذا التشريع الإلهى ، والغاية العظمى من وراء تنفيذ الأوامر ، واجتناب النواهى. مع تدعيم هذا التفسير ـ كما ذكرنا ـ بما أثر عن رسول الله ـ صلىاللهعليهوسلم ـ وأثر عن صحابته ، وتابعيه ـ رضوان الله عنهم ، وذكر مناسبات النزول ومكانها ، وتوضيح ما يرتبط بذلك من قصص قرآنى ، سواء كان متصلا بالأنبياء ، أو بالأشخاص الوارد ذكرهم فى القرآن. مع مراعاة شروط المفسر أثناء عرض الموضوع.
خامسها : الإلتزام بشروط البحث العلمى ، من حيث إخراج الموضوع فى صورة مترابطة محكمة البناء ، تكون طريقا لفهم الهدف ، الذى توخاه الباحث ، وإرشادا لفهم جوانب موضوعه.
وعلى الباحث أن يلتزم الحيادية التامة فى بحثه ، لا يتأثر بأية مؤثرات خارجية ، قد تطغى على الحقيقة المنشودة من وراء بحثه للآيات القرآنية ، طارحا وراءه العقائد الفاسدة ، جاعلا هدفه الأسمى إبراز محاسن القرآن ، وفضائل تشريعاته لخدمة الأفراد ، والمجتمع الإسلامى.
سادسها : الأخذ بمطلق اللغة ، لأن القرآن نزل بلسان عربى مبين ، ولكن على المفسر أن يحترز من صرف الآية عن ظاهرها إلى معان خارجة محتملة ، يدل عليها القليل من كلام العرب ، ولا توجد غالبا إلا فى الشعر ونحوه ، ويكون المتبادر خلافها.