فإن للمنهج الثانى قيمة علمية كبرى ، خاصة فى مجال البحوث العلمية ، التى تعالج موضوعا واحدا من الموضوعات التى تخدم المجتمع الإسلامى ، سواء من حيث العبادة ، أو العقيدة ، أو التشريع ، أو المعاملات ، فيظهر الموضوع المدروس فى مظهر الشمول والموضوعية ، حاويا كل ما جاء فى القرآن الكريم مرتبطا بهذا الموضوع.

فإن الفكر إذا ما جال فى كل جنب من جنبات الآيات ـ موضوع البحث ، وجدّ النظر فى كل ركن من أركان البحث ، انكشف لنا جميع أبعاده وأغراضه ، واستبان للباحث كل الدواعى والأسباب ، التى تحيط بموضوعه ، وتظهره بصورة أعمق وأوفى.

* وإن الباحث فى مجال التفسير الموضوعى ، إذا أراد أن يكون موضوعه أكمل ، وأوعى وأشمل ، لا بد أن يجتاز طرقا عدة ، يتصل أولها بآخرها.

أولها : جمع المادة العلمية التى تخدم موضوعه ، وهى الآيات القرآنية ، التى تتناول موضوعه ، مستعينا على ذلك بحفظه ، وبالكتب التى عنيت بجمع الآيات ، تحت عنوان واحد ، أو التى تجمع الآيات المتماثلة فى حروف المعجم ، من ذلك :

ـ كتاب المفردات للراغب الأصفهانى

ـ وكتاب إصلاح الوجوه والنظائر فى القرآن الكريم للدامغانى

ـ وكتاب تفصيل آيات القرآن الكريم ـ للمستشرق جول لابوم

ـ والمستدرك ، للمستشرق إدوار مونتيه ، ترجمة الأستاذ محمد فؤاد عبد الباقى

ـ ومعجم ألفاظ القرآن ـ لمجمع اللغة العربية

ـ والمعجم المفهرس لألفاظ القرآن الكريم ، للأستاذ محمد فؤاد عبد الباقى