وجه نابليون نظره إلى الأزهر ، إذ كان يعلم أنه المعسكر العام للثورة ، فقبض على زعماء الحركة ، وأصدر أمره إلى الجنرال بون قومندان القاهرة بأن يأخذهم ليلا إلى شاطىء النيل ـ ما بين مصر القديمة وبولاق ـ حيث يعدمهم ، ثم يلقى بجثثهم في النهر. وبهذه الطريقة خفى علينا تاريخ كثير من المجاهدين الذين استشهدوا في هذه الثورة.

اما الذين حوكموا رسميا من العلماء باعتبارهم من زعماه الثورة فهم :

الشيخ إسماعيل البراوي والشيخ أحمد الشرقاوي وكانا يقومان بالتدريس في الأزهر ، والشيخ عبد الوهاب الشبراوي وكان يقوم بقراءة كتب الحديث كالبخاري ومسلم في المشهد الحسيني ، والشيخ يوسف المصيلحي وكان يقوم بالتدريس في جامع الكردي ، والشيخ سليمان الجوسقي وكان من العلماء المشهورين بشدة السطو والبأس ، وكانت محاكمتهم سرية وقد حكم عليهم بالإعدام في يوم ٢٧ جمادي الأولى ١٢١٣ (٣ نوفمر ١٧٩٨).

وفي الساعة الثامنة من صباح يوم ٢٨ جمادي الأولى (٤ نوفمبر) أخرجوا من سجنهم إلى القلعة حيث تلى عليهم الحكم ، ثم أعدموا رميا بالرصاص ، ولم يعلم لهم قبر بعد مقتلهم ، ويروي الجبرتي أن الفرنسيين ألقوهم من السور خلف القلعة بعد تنفيذ الحكم.

وقد نشرت صحيفة (كورييه دليجبت) بالعدد الصادر في ١٠ نوفمبر سنة ١٧٩٨ م (غرة جمادي الآخرة ١٢١٣ ه‍) نبأ إعدامهم وأضافت إلى الأسماء التي ذكرها الجبرتي اسم (السيد عبد الكريم) الذي لم يوقف له على ذكر.

وكان الشهداء من العلماء خلال هذه الثورة أكثر من هذا العدد ، إذ قرر الشيخ عبد الله الشرقاوي في تاريخه «تحفة الناظرين» أن الفرنسيين قتلوا ثلاثة عشر عالما ويؤيد ذلك ما رواه المعلم نقولا الترك في كتابه «ذكر