تملك الفرنساوية للديار المصرية» إذ قرر أن نابليون أمر بإعدام اثنين من العلماء كانا من أعضاء المجلس العالي.

وعلى الرغم من أن نابليون كان يعلم تمام العلم أن الشيخ السادات كان رئيسا لمجلس الثورة إلا أنه لم يمسسه بسوء نظرا لمكانته في نفوس المصريين المستمدة من نسبه الشريف ، وقد طلب الجنرال كليبر من نابليون أن يقبض عليه فأجابه بأن إعدام مثل هذا الشيخ الجليل لا يفيد الفرنسيين بل يؤدي إلى عواقب وخيمة.

أما ثورة القاهرة الثانية التي حدثت في ٢٣ شوال سنة ١٢١٤ ه‍ إلى ٢٥ ذي القعدة سنة ١٢١٤ ه‍ (٢٠ مارس ـ ٢١ أبريل سنة ١٨٠٠ م) ، فتتلخص أحداثها في أن نابليون غادر القطر المصري تاركا قيادة الحملة الفرنسية للجنرال كليبر الذي لم يلبث أن واجه أعنف ثورة قامت بها القاهرة ، ويرجع عنف هذه الثورة إلى أن رأسها المفكر كان زعيم علماء ذلك الوقت السيد عمر مكرم نقيب الأشراف ، ولو لا خيانة المماليك لكان لهذه الثورة الوطنية الجارفة شأن آخر. أما العلماء الذين تعرضوا لانتقام الفرنسيين بعد إخمادها فهم :

الشيخ مصطفى الصاوي وقد فرضت عليه غرامة ٢٦٠ الف فرنك الشيخ محمد الجوهري وأخوه فتوح وقد فرضت عليهما غرامة قدرها ٢٦٠ الف فرنك.

وكان الشيخ السادات معروفا لدي الجنرال كليبر بوطنيته منذ تزعم الثورة الأولى ، ولكنه لم يتمكن من النيل لمعارضة نابليون ، فانتهز فرصة اشتراكه في هذه الثورة لينكل به تنكيلا ، إذ فرض عليه غرامة قدرها ثمانمائة ألف فرنك ، وسجن في غرفة قذرة بالقلعة حيث كان ينام على التراب ويتوسد بحجر ، مع ضربه ضربا مبرحا. ثم سمح له بالنزول مخفورا إلى داره لبسعى في سداد الغرامة المفروضة عليه ، فجمع ما في منزله من المال ، وقوم الفرنسيون ما وجدوه من مصاغ وملابس ومتاع فبلغت