قيمة ذلك كله ١١٢ ألف فرنك ، ولم يكتف الفرنسيون بذلك بل جاسوا خلال الدار وحفروا الارض بحثا عن الخبايا ، حتى أعياهم البحث ولم يجدوا شيئا ، ثم نقلوه إلى السجن وصاروا يضربونه خمس عشرة عصا في الصباح ومثلها في الليل ، وجدوا في البحث وراء زوجته وابنه حتى قبضوا أخيرا على تابعة محمد السندوبي الذي عذبوه حتى أقر على مكانهما ، فقبضوا عليهما ، وسجنوا زوجته معه ، وصاروا يضربونه أمامها زيادة في التعذيب ، فشفع فيها كبار العلماء لنقلها من السجن ، فأصدر الجنرال كليبر أمرا بتاريخ ٢٢ مايو بنقلها إلى منزل الشيخ سليمان الفيومي. وصودرت املاك الشيخ السادات ومرتباته وأوقاف أسلافه ، وبقي معتقلا حتى أفرج عنه في عهد قيادة الجنرال مينو في ٢٥ صفر سنة ١٢١٥ (١٩ يولية سنة ١٨٠٠) وشرطوا عليه ألا يجتمع بالناس ، وألا يركب دون إذن من القيادة الفرنسية. وقد بقي رهن المراقبة في داره حتى اعتقل للمرة الرابعة في أواسط شوال ١٢١٥ (أوائل مارس سنة ١٨٠١) بعد وصول الحملة الإنجليزية العثمانية إلى مصر ، وقد اتخذ الفرنسيون هذا الإجراء خوفا من ان يثير عليهم الشيخ السادات الأهالي ، وقد توفي ابنه أثناء اعتقاله فأذن له بتشييعه مخفورا ، ولما انتهى ذلك أعيد إلى سجنه بالقلعة.

ويقول نابليون في مذكراته تعليقا على اضطهاد الشيخ السادات : أن تعذيبه كان من أهم الأسباب التي أدت إلى مصرع الجنرال كليبر في ٢ صفر ١٢١٦ (١٤ ـ يونيه سنة ١٨٠٠).

وكان السيد عمر مكرم الرأس المفكر لثورة القاهرة الثانية ، واليه يرجع الفضل في تعبئة القوات الوطنية تعبئة قلما تتوفر في ثورة من الثورات ، ولم يستطع الفرنسيون القبض عليه عقب إخماد الثورة ، إذ تمكن من الفرار من القاهرة تاركا أملاكه عرضة للنهب والمصادرة ، ولم يدخل القاهرة بعد ذلك حتى جلاء الفرنسيين عن عاصمة البلاد في ربيع الأول سنة ١٢١٦ (يولية ١٨٠١).

وقد اختارت الزعامة الشعبية ممثلة في السيد عمر مكرم والشيخ