عبد الله الشرقاوي محمد علي واليا على مصر بشرط أن يحكم بمشورة وكلاء الشعب. ولكن محمد علي كان يميل إلى الحكم المطلق ، وسرعان ما ضاق ذرعا برقابة وكلاء الشعب خصوصا السيد عمر مكرم زعيم العلماء ، الذي أخذ يحاسب محمد علي باشا على جمع الضرائب التي فرضها ، وبلغ من حماسته في الدفاع عن حقوق الشعب أن عقد مجلسا عاما من العلماء في (أواسط جمادي الأول سنة ١٢٢٤ ـ أول يولية سنة ١٨٠٩) ، وقد أقسم المجتمعون على ألا يلينوا حتى يجيب الوالي مطالبهم التي تتخلص في عدم فرض ضرائب جديدة وإلغاء الضرائب المستحدثة ، وقد ازدادت العلاقات توترا حينما رفض السيد عمر مكرم أن يوقع الميزانية السنوية. كما يريدها محمد علي ، وأن من المعتاد أن يوقع على الميزانية وجوه المصريين قبل إرسالها إلى السلطان العثماني.

تنكر محمد علي للسيد عمر مكرم ، وأخذ يسعى في التخلص منه ، حتى سمحت له الفرصة في رجب ١٢٢٤ (اغسطس ١٨٠٩) ، فقرر خلعه من نقابة الأشراف ونفيه إلى دمياط ، وقد تلقى السيد عمر مكرم هذا النبأ بقوله : «أما منصب النقابة فإني راغب عنه وزاهد فيه وليس فيه إلا التعب ، وأما النفي فهو غاية مطلوبى لأرتاح من هذه الورطة ، ولكني أريد أن أكون في بلدة لا تدين لحكم محمد علي».

مكث السيد عمر مكرم أربع سنوات في دمياط نقل بعدها إلى طنطا التي استمر بها حتى عام ١٢٣٣ (١٨١٨) ، ثم أذن له بالعودة إلى القاهرة ، ولكن استقبال الشعب الرائع لزعيمه أثار شكوك محمد علي مرة اخرى ، فأمر بنفيه الى طنطا عام ١٣٣٧ (١٨٢٢) حيث توفي في نفس العام.

وقام الأزهر بتأييد القوات الوطنية في جهادها ضد الإنجليز عام ١٨٠٧ ه‍ ، وأفتى زعماؤه في المؤتمر الوطني المنعقد في الأزهر بوجوب الجهاد الوطني ، وقام العلماء ببذل مجهود كبير في سبيل الدفاع عن الوطن سواء بالتطوع أو إمداد الجيش بالمؤن والذخائر أو الدعوة إلى الجهاد.