اشتدّت في الآونة الأخيرة متزامنة مع تكثيف رجال الأمن مضايقاتهم له ، ورصد تحركاته بحيث وضعت داره في النجف الأشرف تحت المراقبة العلنية كما هو الحال بالنسبة إلى محلّ إقامته في مدينة القاسم عليه‌السلام.

وفي صباح يوم خميس في شهر ذي الحجّة عام ١٤٠١ ه‍ وعلى جاري عادته غادر السيّد الشهيد رحمه‌الله النجف الأشرف ـ بصحبة أحد تلامذته ـ متجها نحو مدينة القاسم عليه‌السلام ليشرف عن كثب على الحوزة العلميّة التي أسّسها هناك وعلى الوضع الاجتماعيّ والدينيّ ، وفي أثناء طريقة ـ بين الكوفة والحلّة ـ اعترض أزلام النظام السيارة التي كانت تقلّ الشهيد الجلاليّ ، وتمّت عمليّة اعتقاله ، ومن ثمّ نقل إلى بغداد ، وقد دام اعتقاله رحمه‌الله قرابة التسعة أشهر تعرّض خلالها إلى أبشع أنواع التعذيب الجسدي والرّوحي ، وفي إحدى ليالي الجمعة لبى نداء ربّه الكريم وعرجت روحه الطاهرة إلى جنان الخلد ، حشره الله مع الانبياء والشهداء وحسن أولئك رفيقا ، ونقل جثمانه الطاهر إلى وادي السّلام ، تحت مراقبة أمنية شديدة ، وأودع الثرى في ليلة الرابع من شهر رمضان المبارك سنة ١٤٠٢ ه‍ ، من دون تشييع أو أيّه مراسم اخرى.

وكان لاستشهاده رحمه‌الله أثر الفاجعة البالغ في النفوس وبين أهل العلم وطلابه ومحبّيه خاصّة وقد رثاه الشعراء بمقاطع شعرية لا مجال لسردها.

ورثاه الشاعر الإيروانى بقصيدة منها :