ومن الخزائن المشهورة التي بعثرت في عهدنا ولم نعرف متى جمعت خزانة قبة صحن الجامع الأموي ، وكانت مملوءة برقوق نفيسة فتحت سنة (١٣١٧ ه) بأمر السلطان عبد الحميد الثاني إجابة لمقترح الامبراطور غليوم الثاني الألماني فعثروا فيها على قطع من الرقوق كتبت فيها سور من القرآن الكريم بالخط الكوفي ، ومنها قطع مهمة من مصاحف وربعات وقطع من الأشعار المقدسة بالآرامية الفلسطينية وكتابات دينية وأدبيات دينية وقصص رهبانية ومزامير عربية مكتوبة بالحرف اليوناني ومقاطيع شعرية لأوميروس ، وكراريس وأوراق بالقبطية والكرجية والأرمنية في موضوعات دينية ، وجذاذات عبرانية وسامرية فيها نسخ من التوراة وتقاويم أعياد السامريين وصلوات وصكوك للبيع والأوقاف وعهود زواج وبينها مقاطيع لاتينية وإفرنسية قديمة وقصائد شعرية يرتقي عهدها إلى أيام الصليبيين ونسخ إنجيل برقوق. فأهدى السلطان بعضها لعاهل ألمانيا ووزع قسم منها على بعض رجال الاستانة ورجال دمشق واستخلصت بعض قطع منها حفظت الآن في دار الآثار في دمشق وأهمها تلك القطعة الكوفية المكتوبة على رق من ربعة شريفة وقفها عبد المنعم بن أحمد سنة (٢٩٨) وعلى الوجه الثاني نقش مذهب باسم واقفها. ورأى شيخنا طاهر الجزائري في تلك القبة جزءا مكتوبا عليه أنه حبس على مشهد زين العابدين صلوات الله عليه وعلى أبنائه الأئمة سنة نيف وسبعين وأربعمائة.
وكانت في دير صيدنايا من جبل قلمون خزانة كتب حافلة بالمخطوطات النادرة ولا سيما السريانية ، فحاذر وكلاء الدير من كثرتها (المشرق ٢ ص ٥٨٨) أن تكون حجة بيد السريان يتقوون بها على إثبات حقوقهم في الدير ، فأجمع رأيهم على إخراجها وإتلافها تخلصا منها ، فجمعوها ومعظمها من النفائس المخطوطة على رق وبدأوا يحرقونها وقودا للفرن خبزوا عليها خبزتين وكان هذا من نحو عشر سنين ومئة سنة. وهو عمل مثّل الجهل المطبق والتعصب الممقوت. وكم وقع من حوادث إفرادية من مثل هذه فضاعت فيها الكتب ولم تبلغنا تفاصيلها. ومما أعان على تشتت الكتب أن بعض من أولعوا في العهد