ثم عاد إلى جبل عامل وتوفي بها ، ووفاته إمّا في آخر القرن التاسع أو أوائل القرن العاشر ، والله أعلم . ودفن في قرية جبشيت ، من قرى جبل عامل ، ثم خربت القرية فنزح أهلها منها وأصبحت محرثاً ، فلمّا خربت اختفى قبره بما تراكم عليه من التراب ، ولم يزل مستوراً بالتراب إلى ما بعد المائة الحادية عشر لا يعرفه أحد ، فظهر عند حرث تلك الأرض وعرف بما كتب عليه ، وهو : هذا قبر الشيخ إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه الله .

قال المولى الأفندي في الرياض ١ / ٢٢ : وحكى لي بعض أفاضل الثقات من سادات جبل عامل ـ متّعنا الله بدوام عمره وإفضاله ـ عن بعض ثقات أهل تلك النواحي من عجيب ما اتّفق فيهم قريباً من هذه الأعصار : أنّ حرّاثاً منهم كان يكرب الأرض بثوره ، فاتّفق أن ٱتّصل رأس جارّته حين الكراب بصخرة عظيمة اقتلعها من الأرض ، فإذا هو من تحتها بجمثان مكفون قد رفع رأسه من التراب كالمتحيّر الفَرِق المستوحش ، ينظر مرّة عن يمينه واُخرى عن شماله ويسأل من كان عنده : هل قامت القيامة ؟ ثمّ سقط على وجهه في موضعه ! فاُغمي على الراعي من عظم الواقعة ، فلمّا أفاق من غشيته وجعل يبحث عن حقيقة الأمر رأى مكتوباً على وجه تلك الصخرة صفة صاحب العنوان : هذا [ قبر ] إبراهيم بن علي الكفعمي رحمه الله .

وقال السيد حسن الصدر في تكملة الأمل ص ٧٦ : وحدّثني بعض الأجلّة الثقات أنّ قبره كان مخفيّاً وظفر به في المائة الحادية عشر ، وله حكاية غريبة