المسجد من الأبواب من عمل أبي جعفر أمير المؤمنين من أسفل المسجد : باب بني جمح ، وهو طاقان ، ومن تحته يخرج سيل المسجد الحرام كله ، وبين يديه بلاط من حجارة يمر عليه سيل المسجد ، وفي دار زبيدة بابان كانا يخرجان إلى زقاق كان بين المسجد والدار التي صارت لزبيدة ، وكان ذلك الزقاق طريقا مسلوكا ما سدّ إلا حديثا ، والبابان مبوّبان ومن عمل أبي جعفر إلى باب بني سهم ، وهو طاق واحد ، وباب دار عمرو بن العاص ، وبابان في دار العجلة طاق طاق ، كانا يخرجان إلى زقاق كان بين دار العجلة وبين جدار المسجد ، كان طريقا مسلوكا فيما ذكر المكيّون يمر فيه سيل السويقة ، وسيل ما أقبل من جبل شيبة بن عثمان ، فلم تزل تلك الطريق على ذلك حتى سدها يقطين بن موسى حين بنى دار العجلة للمهدي ، قدّم الدار إلى جدر المسجد ، وأبطل الطريق ، وجعل تحت الدار سربا مسقّفا يمر تحته السيل ، وذلك السرب على حاله قائم إلى اليوم ، وعلى باب هذا السرب سقاء يكون فيه ، يسقي الماء ، وسد أحد بابي المسجد الذي كان في ذلك الزقاق وهو الباب الاسفل منهما موضعه في جدر المسجد ، وجعل الباب الآخر بابا لدار العجلة ، فضيّقه وبوبه ، فهو باب دار العجلة إلى يومنا هذا.
ومما جعل أبو جعفر أيضا الباب الذي يسلك منه إلى دار حجير بن أبي أهاب ، بين دار العجلة وبين دار الندوة ، وباب دار الندوة ، فهذه الأبواب السبعة من جعل أبي جعفر أمير المؤمنين ، وأما الأبواب التي من زيادة المهدي فمنها الباب الذي في دار شيبة بن عثمان ، وهو طاق واحد ، ومنها الباب الذي يدخل منه الخلفاء كان يقال له باب بني عبد شمس ، ويعرف اليوم : ببني شيبة الكبير ، وهو ثلاثة طيقان ، وفيها اسطوانتان ، وبين يديه بلاط مفروش من حجارة ، وفي عتبة الباب حجارة طوال مفروشة بها العتبة يزعم بعض الناس انها كانت من أوثان الجاهلية. وقال آخرون : انما هي حجارة كانت فضلت مما قلع