وقد ترك بعد حصوله على شهادة العالمية من درجة أستاذ وظيفته في الليسيه ليتولى أستاذية البلاغة في معهد أسيوط الكبير الذي عمل فيه من نوفمبر عام ١٩٤٦ حتى أكتوبر عام ١٩٤٧ ، ثم في معهد الزقازيق الذي كان طالبا فيه من قبل ، والذي عمل فيه من عام ١٩٤٧ إلى عام ١٩٤٨.
وانتقل الخفاجي في ١٧ أغسطس عام ١٩٤٨ إلى كلية اللغة العربية مدرسا للأدب والنقد والبلاغة فيها ، وهو اليوم أستاذ فيها.
ومن الطريف أن نذكر أن الخفاجي متزوج من عام ١٩٤٨ وله ولد هو ماجد خفاجي ، وتوفيت له بنت كان اسمها «وفاء خفاجي».
وهو عضو في شتى الهيئات العلمية والأدبية في مصر والعالم.
وله العديد من المؤلفات. وهو من أكبر دعاة التجديد والإصلاح والوحدة العربية ، ومن أكبر الثائرين على النظم السياسية الجائرة السائدة في كثير من شعوب العالم العربي المتخلفة عن ركب الحياة والحضارة وعن مبادىء الإسلام الكريمة.
ـ ٩ ـ
ومن صور مقالات الخفاجي كلمة كتبها بعنوان «أيام المجد» : أيام عشتها وكأني عشت بها الدهر كله ، فقد جمعت المجد من أطرافه ، واهتزت خلالها النفس هزة الفرح والإعجاب.
أيام ويا لها من أيام ، لقد حسدت عليها نفسي ، وحسدت الجيل الذي أعيش به ، وحسدت وطني مصر لأن تاريخه احتواها ، ولأن العالم كله قد اهتز إعجابا به وبها.
أيام ويا لها من أيام ، فلو قدمت اليوم لما كان قد بقي لي من أمنية في الحياة أتمناها لي ولوطني المجيد.