الشيخ محمد السادات من أهم الأسباب التي أدت إلى مصرعه في ٢٠ المحرم ١٢١٥ ه‍ (١٤ يونيه ١٨٠٠ م) بيد سليمان الحلبي ، وسرعان ما اتجهت أنظار الفرنسيين نحو الأزهر فقاموا بتفتيشه وتفتيش أروقته وقبضوا على من ذكرهم سليمان الحلبي في التحقيق كما قبضوا على العلماء المعروفين بقيادة الثورات الوطنية. ورأى كبار العلماء أن الفرنسيين سيتخذون من تفتيش الأزهر بين حين وآخر ذريعة للإيقاع بهم فتوجه الشيخ الشرقاوي والشيخ الصاوي والشيخ المهدي إلى الجنرال مينو واستأذنوه في إغلاق الأزهر فأغلق في ٢٧ المحرم ١٢١٥ ه‍ (٢١ يونيه ١٨٠٠ م). وكان هذا ما يريده الفرنسيون وقد استمر الأزهر مغلقا حتى تم جلاء الفرنسيين عن مصر.

يقول تيير : «لو بقي كليبر حيا لاستمرت مصر خاضعة للحكم الفرنسي حتى انهيار نابليون على الأقل ، فقد ضاع أكبر قائد وأكفأ من يؤسس الاستعمار الفرنسي في الشرق».

وهنا لا بد من أن نقول كلمة عن المنشورات التي كان يصدرها الفرنسيون على لسان أعضاء الديوان من العلماء : إذ كان الغرض من هذه المنشورات تضليل الشعب وبث التفرقة بينه وبين زعمائه ، وأكبر دليل على براءة من اشترك من العلماء في الديوان أنهم كانوا من المعروفين لدى الفرنسيين بقيادة الثورات والتحريض عليها.

الأزهر يحرض على قتال الحملة الإنجليزية الأولى :

في المجرم ١٢٢٢ ه‍ (مارس ١٨٠٧ م) نزل الإنجليز الأسكندرية بقيادة الجنرال فريزر وما كادت تصل أنباؤهم إلى العاصمة حتى قام السيد عمر مكرم والشيخ الشرقاوي والشيخ الأمير يدعون الناس إلى الدفاع عن الوطن ، وحث الخطباء في المساجد الناس على القتال ، فأقبل هؤلاء يتطوعون في حماس نادر المثال وانضم إليهم طلبة الأزهر والعلماء وكان