وأدركوا علله وأمراضه ، وهو إلى جانب ذلك تلميذ بروحه وعلمه وعقله وتفكيره للأستاذ الإمام عبده ، فوضع مذكرته التي تصف علل الأزهر وأداواءه وتصف الدواء الناجح لهذه العلل.

«ولكن العلماء في القرون الأخيرة استكانوا إلى الراحة ، وظنوا أن لا مطمع لهم في الاجتهاد ، فأقفلوا أبوابه ، ورضوا بالتقليد ، وعكفوا على كتب لا يوجد فيها روح العلم ، وابتعدوا عن الناس فجهلوا الحياة وجهلهم الناس ، وجهلوا طرق التفكير الحديثة ، وطرق البحث الحديث ، وجهلوا ما جد في الحياة من علم وما جد فيها من مذاهب وآراء ، فأعرض الناس عنهم ، ونقموا هم على الناس ، فلم يؤدوا الواجب الديني الذي خصصوا أنفسهم له ، وأصبح الإسلام بلا حملة ، وبلا دعاة بالمعنى الذي يتطلبه الدين». ويقول في شأن النظم المتقدمة : «وإني أقرر مع الأسف أن كل الجهود التي بذلت لإصلاح المعاهد منذ عشرين سنة لم تعد بفائدة تذكر في إصلاح التعليم ، وأقرر أن نتائج الأزهر والمعاهد تؤلم كل غيور على أمته وعلى دينه ، وقد صار من الحتم لحماية الدين ، لا لحماية الأزهر ، أن يغير التعليم في المعاهد ، وأن تكون الخطوة إلى هذا جريئة ، يقصد بها وجه الله تعالى ، فلا يبالي بما تحدثه من ضجة وصراخ ، فقد قرنت كل الإصلاحات العظيمة في العالم بمثل هذه الضجة».

ويقول في وصف الكتب : «هي كتب معقدة لها طريقة خاصة في التأليف ، لا يفهمها كل من يعرف اللغة العربية ، وإنما يفهمها من مارسها ومرن على فهمها ، وعرف إصلاح مؤلفتها». ويقول فيما يختص بدراسة الفقه :

«يجب أن يدرس الفقه الإسلامي دراسة حرة خالية من التعصب لمذهب ، وأن تدرس قواعده مرتبطة بأصولها من الأدلة ، وأن تكون الغاية من هذه الدراسة عدم المساس بالأحكام المنصوص عليها في الكتاب والسنة ، والأحكام المجمع عليها ، والنظر في الأحكام الاجتهادية لجعلها