ومن أشهر علمائه في ذلك الحين : العز بن عبد السلام الإمام العالم الثائر ، صاحب المواقف المجيدة في التاريخ الإسلامي ، وابن هشام النحوي ، وابن دقيق العيد ، والسبكي ، والسيوطي ، وشيخ الإسلام زكريا الأنصاري ، وكذلك ازدان الأزهر بآلاف العلماء البارزين في علوم الدين والعربية والأدب ، ومن بين من تخرج فيه في ذلك العهد : القلقشندي ، والدميري ، والمقريزي ، وغيرهم.

واستكمل الأزهر سيره في العهد العثماني كذلك ، محافظا على تراثه ، اللغة وعلومها ، وعلى الآداب وفنونه ، إلى دراساته الإسلامية العتيدة. ومن كبار شيوخه في هذا العهد : الإمام السنباطي (٩٥٠ ه‍) ومواقفه في مقاومة طغيان الحكام خالدة ، والإمام المهناوي (٩٥٠ ه‍) ، والعلامة البرماوي (١١٠٦ ه‍) ، والشيخ الخرش المالكي أول شيخ للأزهر ، ومن عهده صار منصب مشيخة الأزهر من أكبر المناصب العلمية في العالم الإسلامي ، وتوفي عام ١١٠١ ه‍. وخلفه البرماوي [١١٠٦ ه‍] ، فالتشرتي (١١٢٠ ه‍) ، فالقليني ، فالشيخ محمد شثن (١١٣٣ ه‍) ، فالشيخ الفيومي (١٠٦٢ ـ ١١٣٧ ه‍) ، فالشيخ عبد الله الشبراوي (١١٧١ ه‍) وله شعر صوفي رفيع ، فالشيخ الحفتي (١١٠٠ ـ ١١٨١ ه‍) ، وله شعر صوفي رمزي باللغة العربية واللغة الشعبية الدارجة ؛ ثم الإمام السجيني (١١٨٢ ه‍) ، فالدمنهوري (١١٩٢ ه‍).

وفي عصر الأتراك العثمانيين قاد الأزهر حركات التحرر الكبرى ، ومن بينها : ثورة الإمام الشيخ الدردير التي قادها عام (١٢٠٠ ه‍ ـ يناير ١٧٨٦ م) ، وثورة الإمام الشيخ عبد الله الشرقاوي عام ١٢٠٩ ه‍ ـ ١٧٩٥ ؛ وقد كسب الشعب المصري من الثورة الأولى مبدأ دستوريا جليلا هو وجوب