تحت حماية المدافع وأن تقتلوا كل من تلقونه في المسجد وأن تضعوا فيه حرسا قويا من الجنود).

وابتدأ الضرب من بعد الظهر حتى الساعة الثامنة مساء ، وأخذت رسائل الوحشية المقنعة بالمدينة تهال في صورة آلاف من القنابل على الأزهر حتى قال ريبو : أوشك الجامع أن يتداعى من شدة الضرب فيدفن تحت أنقاضه الجماهير الحاشدة فيه وأصبح الحي المجاور للأزهر صورة من الخراب والتدمير. ولما وجد العلماء أن الاستمرار في المقاومة سيفضي إلى كارثة محققة ، شرعوا في مفاوضة نابليون لإيقاف الضرب.

محاكمة العلماء الثائرين :

في ١٢ جمادى الأولى ١٢١٣ ه‍ (٢٣ أكتوبر ١٧٩٨ م) أصدر الجنرال (برتييه) أمرا باسم نابليون إلى الجنرال (بون) قومندان القاهرة بهدم الأزهر ليلا إذا أمكن ، ومن هذا نرى أن نابليون أراد أن يقضي على المقاومة الشعبية بهدم مركزها ، ثم عدل عن هذه الفكرة خوفا من إثارة الحماس الديني.

وفي ٢٤ أكتوبر توجه وفد من العلماء إلى نابليون يسأله العفو عن الأهالي ليسكن روعهم ، فطالبهم نابليون بإرشاده عمن تسبب في الثورة من العلماء ، فلم يرشدوه إلى أحد فقال لهم : «نحن نعرفهم واحدا واحدا».

قبض نابليون على ثمانين من أعضاء لجنة الثورة أعدموا سرا وألقيت جثثهم في النيل أما الذين حوكموا رسميا من المقبوض عليهم باعتبارهم زعماء الثورة فهم الشيخ إسماعيل البراوي والشيخ يوسف المصيلحي والشيخ عبد الوهاب الشبراوي والشيخ سليمان الجوسقي شيخ طائفة المكفوفين والشيخ أحمد الشرقاوي وكلهم من العلماء وقد حكم عليهم بالإعدام ونفذ