ونظريات الفلسفة ، ... وتغيرت نظريات الفلسفة ، وحدثت نظريات أخرى ، وكان من شأن هذا كله أن توجه على الأديان جملة ، وعلى الإسلام خاصة حملات ، وصار من الواجب الحتم على علماء المسلمين أن يحيطوا علما بكل ما يوجه إلى الأديان عامة ، وإلى الإسلام خاصة من مطاعن ، وأن يردوا تلك المطاعن التي توجه إلى الإسلام ، ويذودوا عن عقيدتهم بأدلة ناصعة ، وأسلوب مقنع ممتع ، ليجنبوا المتعلمين تعليما مدنيا الشبه الزائفة ، وليضموا إلى الإسلام أفرادا وشعوبا من الأمم التي تتطلع إلى الإسلام ، وتبتغي الوقوف على خصائصه ومزاياه ، وهذا لا يتم لهم على ما ينبغي إلا بالاتصال بغيرهم اتصالا علميا ، وبتعرف اللغات الحية التي يكثر فيها الانتاج العلمي ، والتي يتناول بها العلماء مسائل الإسلام ، ومسائل اللغة العربية ، لذلك وجب أن يكون لأهل الأزهر نصيب من هذه اللغات ، وهنالك فائدة أخرى لتعلم اللغات ، وهي أنها تساعد على معرفة طريقة وضع الكتب ، وعلى معرفة الأسلوب الحديث في التأليف والتفكير ، وطريقة عرض المسائل على أنظار المتعلمين ..... الخ ..».

بهذا الإصلاح يكون الشيخ المراغي قد أتم ما بدأه الشيخ محمد عبده ، وقد كرس الشيخ المراغي فترة السنوات العشر التي أعقبت صدور القانون رقم ٢٦ لسنة ١٩٣٦ م على تنفيذ هذه الإصلاحات حتى لقي ربه في الثاني والعشرين من أغسطس سنة ١٩٤٥ م رحمه الله.

وقد تعاقب على كرسي مشيخة الجامع الأزهر بعد الشيخ المراغي عدد من جلة شيوخ الأزهر هم. الشيخ مصطفى عبد الرزاق ، وكان مؤمنا بالإصلاحات التي أدخلها الشيخ المراغي ، غير أن المنية قد عاجلته سنة ١٩٤٧ م ثم الشيخ محمد مأمون الشناوي ، والشيخ عبد المجيد سليم للمرة الأولى ، والشيخ إبراهيم حمروش ، والشيخ عبد المجيد سليم للمرة الثانية ، والشيخ محمد الخضر حسين ، والشيخ عبد الرحمن تاج ، والشيخ محمود شلتوت ، وقد صدرت خلال هذه الحقبة عدة قوانين معدلة للقانون