هذا الاتحاد قوة كبيرة سياسية في هذه الفترة ، والخفاجي وأصدقاء له هم الذين كونوه ، وكانت مؤتمراته الوطنية تنشر في الصفحة الأولى في جريدة الجهاد المصرية ، وفي شتى الصحف في هذه الفترة.

ومن أهم ما يلاحظه الخفاجي على الثقافة المصرية في هذه الفترة انعدام التوجيه وضعف تربية الملكات ، وإهمال شئون الطالب النفسية والعقلية إهمالا كبيرا. وقد جاهد الخفاجي في أزمة الأزهر عام ١٩٣٥ مع زملائه جهادا طويلا.

التحق الخفاجي بعد مرحلة الثانوي بكلية اللغة العربية بالقاهرة وهي إحدى كليات الأزهر الشريف وبدأ دراسته فيها في أول اكتوبر عام ١٩٣٦ ، وفي اليوم الثاني من أكتوبر من هذا العام توفي والده ، وبعد ذلك بعشرين عاما أي في يوم الخميس ٢٧ جمادى الثانية ١٣٧٥ ه‍ ـ ٩ فبراير ١٩٥٦ توفيت والدته وتخريج الخفاجي من كلية اللغة عام ١٩٤٠ ، حيث كان في طليعة المتفوقين في جميع مراحل الدراسة فيها.

وفي خلال هذه الفترة اشترك الخفاجي في الحركة الوطنية ، وتابع دراسته ، وعمل أحيانا في الصحافة في جريدة السياسة وفي صحف أخرى ، وكتب المقالات والبحوث والدراسات في شتى الصحف والمجلات.

وكان قيام الحرب العالمية الثانية في هذه الفترة عام ١٩٣٩ أهم حدث عالمي تأثر به الشباب العربي أيما تأثر ، بل تأثر به شباب العالم قاطبة.

وكان الخفاجي المتنقل بين القرية والعاصمة صورة للشباب المصري المكافح في سبيل وطنه وفي سبيل قومية بلاده وفي سبيل الثقافة التي حمل لواءها بقوة.

وفي هذه الفترة تأثر بآراء عالمين مفكرين كبيرين في الفكر والثقافة والإصلاح ، هما الأستاذ الأكبر الشيخ إبراهيم حمروش شيخ الأزهر فيما