بعد ، والأستاذ الكبير الشيخ محمد عرفة عضو جماعة العلماء بالأزهر. كما كان للإمام محمد عبده صداه العميق في نفسه.

وكان الأستاذ الأكبر الشيخ حمروش عبيد كلية اللغة آنذاك وكان بعقله الواسع وأفق تفكيره البعيد وثقافته العلمية العريقة أرفع مثال لطلاب كليته ، يستمدون منه القدوة ، ويحتذون حذوه في الفهم والتفكير.

وكان الأستاذ الكبير محمد عرفة أستاذا للخفاجي في الفلسفة والبالغة ، ومن ثم بآرائه التجديدية العلمية تأشرا خاصا.

وتخرج الخفاجي في يوليو عام ١٩٤٠ من كلية اللغة يحمل شهادته العالية.

والتحق الخفاجي بأقسام الدراسات العليا في كلية اللغة العربية في أكتوبر عام ١٩٤٠ في قسم البلاغة والأدب ، فعكف في خلال الأحداث العالمية التي صاحبت الحرب العظمى ، وفي خلال أحداث مصر القومية التي امتدت من هذا التاريخ ، وفي خلال أزمات الأزهر التي كانت نتيجة للصراع بين الحكومة والقصر ، والتي كان الأستاذ الأكبر الشيخ محمد مصطفى المراغي مظهرا لكثير من صور الحرب الخفية في هذه المعركة ، في هذه الظروف عكف الخفاجي على دراساته العليا ، إلى أن تخرج عام ١٩٤٤ يحمل شهادة النجاح في الامتحان التمهيدي لشهادة العالمية من درجة أستاذ.

ثم قدم رسالته الجامعية «ابن المعتز وتراثه في الأدب والنقد والبيان» ونوقش فيها في أكتوبر عام ١٩٤٦ ، ونال بها بتفوق شهادة العالمية من درجة أستاذ في الأدب والبلاغة من كلية اللغة العربية وهي أرقى شهادات الأزهر الجامعية وتعادل الدكتوراه الممتازة حرف (أ).

ومن الجدير بالذكر أن الخفاجي قدم للكلية مع رسالته المخطوطة