الأشياء القيمة التي كانت موجودة به وعاد إلى الصحراء ، وبعد هذه الحادثة أمر السلطان عضد الدولة البويهي بعمل كل الترميمات اللازمة للضريح ، ثم قام حسن بن فضل الرامهرزمي وزير سلطان الدولة البويهي بعمل جدران حوله عام ١٠٢٢ م ، وقبل ثمان سنوات من هذا التاريخ كان قد شبّ حريق مروّع في الضريح بسبب سقوط شمعدان مما حوّل الأروقة المكشوفة والقبب إلى رماد ، وقد زار سلطان السلاجقة ملكشاه هذا الضريح ومدينة النجف عام ١٠٨٦ م ، كما زار الحاكم الإيلخاني قازان خان مدينة النجف وقدم الكثير من الهدايا للأضرحة عام ١٣٠١ م ، وتذكر إحدى الروايات أن هذا الضريح بني على يد أرجون خان والد قازان خان ، وشق قناة من نهر الفرات لتلبي احتياج أهالي مدينة كربلاء من المياه وتعرف تلك القناة اليوم باسم الحسينية.

أما ابن بطوطة الذي زار المنطقة عام ١٣٢٧ م فيذكر أن مشهد الإمام الحسين يقع وسط حدائق نخيل المدينة وبجانبه مدرسة كبيرة وزاوية لإقامة الزائرين وقناة تأتي من نهر الفرات لسد احتياجات المدينة من المياه ، كما يذكر ابن بطوطة أنه لا يسمح بالدخول للزيارة إلا بإذن الحرس وإن الزوار يقومون بتقبيل المرقد الفضّي المعلق عليه مصابيح من الذهب والفضة ، ويقول حمد الله المستوفي الذي مر من المدينة في نفس القرن : إن محيط المدينة يبلغ ٢٤٠٠ خطوة ، وعندما جاء تيمور إلى بغداد عام ١٣٩٣ م تقابل بجيشه مع أحمد الجلايري الذي فرّ إلى الحلة في وادي كربلاء ، فتوجه تيمور نحو شط الفرات لعدم حصوله على نتيجة قاطعة في تلك الحرب وقد أظهر هو وجنده الاحترام للمشهد وإن التيموريين الذين احتلوا بغداد بعد هذا التاريخ بثمان سنوات لم يمسّوا كربلاء بسوء.

وفي العهد العثماني دارت الحرب بين العثمانيين والصفويين في عهد الشاه إسماعيل الصفوي ، وبالرغم من استمرار تلك الحروب لفترة