الهجوم على بغداد وإعدام الأمير ذو الفقار اعتبره العثمانيون اعتداء على الملك العثماني ، وقرر السلطان سليمان القانوني القيام بحملة على بغداد.

إن الحركة العسكرية التي بدأت في أواخر سنة ١٥٣٣ م قد استمرت سنة كاملة ، وتمكن السلطان سليمان القانوني من تأسيس معسكره بجوار بغداد دون أدنى مقاومة في ٢٩ نوفمبر ١٥٣٤ م ، وذهب قائد الجيش الصدر الأعظم إبراهيم باشا بعدد من الجند إلى قلعة بغداد ورفع الراية العثمانية على قلعتها ، ولم يأخذ الصدر الأعظم كل الجنود حتى لا تسلب دار السلام ، وهكذا جهزت بغداد دار السلام لاستقبال السلطان سليمان القانوني ، فدخلها القانوني في ١ ديسمبر ١٥٣٤ م دون أن تدمى أنف واحد من أهلها.

قرر السلطان العثماني قضاء الشتاء في بغداد فمكث بها أربعة أشهر ، وفي تلك الفترة جاءه العديد من الأمراء والأشراف والأعيان ورؤساء العشائر طالبين الدخول تحت راية الدولة العثمانية ، وشيد ضريحا لمقبرة الإمام الأعظم التي خربت بسبب الهجمات المختلفة ، وأسس حيّ الأعظمية ، وتم البدء في بناء ضريح لقبر الشيخ عبد القادر الجيلاني (الكيلاني) وعمارة خيرية بجواره.

اهتمّ السلطان سليمان القانوني بزيارة العتبات الموجودة في الكاظمية وضريح الإمام علي في النجف وضريح الإمام الحسين في كربلاء وأمر بعمل العديد من الترميمات في هذه الأماكن ، بخلاف هذا فقد أمر بتحرير وتسجيل الأوقاف الخاصة بهذه الأماكن ، وتحسين إداراتها وجعلها على أحسن وجه ، وفى تلك الفترة خلع الخلع على شيخ كربلاء السيد حسين الذي كان من سادات مشهد الإمام علي والسيد حسن وبكر أمير تكريت ومحمد بن سياله أمير دليم ، وهكذا أسعد السلطان سليمان القانوني كل من السنّة والشيعة.