اكتسب السلطان القانوني حبّ السنّة والشيعة معا (١) ، وكانت تلك السياسة التي انتهجها السلطان القانوني بمثابة البنية التحتية لسياسة السلاطين العثمانيين تجاه إيران والشيعة فيما بعد.
قسمت العراق إلى أربع ولايات منذ عهد السلطان القانوني هي بغداد والبصرة والموصل وشهرزور ، كانت الثلاث الأولى منها بمثابة المراكز ، وكان ولاة بغداد يعينون من استانبول ، أما ولاة الولايات الثلاث الأخر فكانوا يعينون من قبل استانبول باقتراح والي بغداد ، وبالرغم من أن أمراء الألوية الذين يعينون على السناجق المختلفة في الولايات العثمانية كانوا يختارون من قبل استانبول ، إلا أن الولايات البعيدة والهامة مثل مصر وبغداد كان يعين ولاتها أمراء ألوية السناجق.
اعترفت الدولة العثمانية بالدولة الصفوية رسميّا بمعاهدة أماسيا الموقعة في ١ يونيو ١٥٥٥ م ، واعترف الصفويون بأن الأراضي التي حصل عليها العثمانيون في حملة العراقين تابعة للعثمانيين ، وبالرغم من ذلك لم يتخل الصفويون أبدا عن رغبتهم في عراق العرب ، ولكن بعد الفتوحات التي تمت في عهد السلطان مراد الثالث في القوقاز وجورجيا وأذربيجان انتهت آمال الصفويين في استرداد بغداد بعد عقد معاهدة استانبول عام ١٥٩٠ م ، أما في عام ١٦١٢ م شهدت الدولتان العثمانية والصفوية حروبا دامية انتهت بعقد معاهدة نصوح باشا التي اتخذت من معاهدة أماسيا أساسا لها ، وكان من أهم بنود تلك المعاهدة أن يأتي الحجيج الإيرانيون إلى الحج عن طريق الشام وحلب وليس عن طريق بغداد والبصرة وذلك للحفاظ على أمن بغداد الواقعة في حوزة العثمانيين ، وعقب تلك المعاهدة بثلاث سنوات عقدت معاهدة صلح عرفت باسم معاهدة سراو عام ١٦١٨ م ، وتمت بعض الإصلاحات
__________________
(١) Honigmann ,a.g.m.,s ,١٨٥.