بظلالها على النجف ، إلا أن النجف دخلت تحت مظلة التشكيل الإداري الذي عاشته المنطقة في تلك الفترة ، وكما حدث في كربلاء حدث في النجف ، وعهد بإدارة النواحي وإدارة الأضرحة إلى أشخاص من الرعايا العثمانيين بدلا من الإيرانيين ، ولم تستطع التنظيمات الجديدة التي تمت في النجف عام ١٨٤٣ م إعاقة ظهور الثورات مجددا ، ففي عام ١٨٥٠ م قامت فرقة الشامرد أحد أكبر فرقتين في النجف بحركة ثورية ، وبالرغم من أن الوثائق لم تظهر السبب الحقيقي لتلك الثورة ، إلا أنه عند التدقيق في بدايات الثورة سيتضح أنها اندلعت بسبب عدم ارتياح جماعات محددة من الإصلاحات الإدارية التي قامت بها الدولة.

وقد تم نفي ظاهر الملحا الذي كان أحد كبار فرقة الشامرد والمحرك الرئيسي في الثورة إلى بغداد بسبب قيامه بثورات سابقة ، ولكنه تمكن من الهروب من بغداد ، وعاد إلى النجف مرة أخرى ، وتمكن من تشكيل كتلة ثورية بمن جمعهم من حوله ، كان رجاله يطوفون في الطرقات جماعات جماعات ، كل جماعة من أربعين إلى خمسين شخصا ويدعون الأهالي للانضمام إليهم ، وكانوا يجمعون الأموال أيضا بالضغط على الأهالي.

قد جعل هذا الأمر الكتيبة الثانية التابعة للواء الثاني مشاة بجيش العراق الهمايوني والموجودة في ديوانية تتجه صوب النجف بقيادة أمير لاي الكتيبة ، وهناك اتحدت هذه الكتيبة مع الكتيبة الموجودة في النجف ، وكان هذا سببا في نشوب ثورة من الجماعات التي لم تتمكن من القيام بأفعالها القديمة ، ويتضح من ذلك أن أهم سبب في قيام ظاهر الملحا والجماعات التابعة له بالثورة يتمثل في شعور تلك الجماعات بعدم الارتياح من وجود الحكومة العثمانية الذي بدأ يلمس بقوة في المنطقة.

ولم تتعامل القوات العسكرية الموجودة في النجف مع الثورة